在《北美自由贸易协定》作为国家之间的宏观协议成立并生效之时，美国、加拿大及墨西哥三国就在《北美自由贸易协定》这一大框架下，通过制订新的双边或三边协议，修订、修改并补充美国、加拿大及墨西哥三国之间原有的协议，并对《北美自由贸易协定》的相关阶段安排及相关重要条文进行符合经济发展状况的修正及修改，从而确保《北美自由贸易协定》的实施能够得到制度上和实践上的双重保障。自《北美自由贸易协定》成立以后，其发展可简单总结为以下几方面：

首先，美国、加拿大及墨西哥三国在《北美自由贸易协定》作为国家之间的宏观协议成立并生效之时，对原有协议进行了修订，根据《北美自由贸易协定》的相应规定进行了补充和修改。

如在农业领域，美墨两国于1990年修订了1972年两国签署的《确认合作根除螺旋虫协议》（Agreement Confirming an Agreement to Eradicate Screw-worms）；在能源领域，美加两国于1999年修订了1955年两国签署的《民用原子能合作协议》（Agreement for Cooperation on Civil Uses of Atomic Energy）；在环境保护领域，美加两国于1995年修订了1916年两国签署的《美加境内候鸟保护公约》（Convention for The Protection of Migratory Birds in the United States and Canada）。通过这些修改，将原本与《北美自由贸易协定》可能有所冲突的部分条约及协议统一纳入《北美自由贸易协定》之下，实现了《北美自由贸易协定》的扩大适用。

其次，除了对原有协议进行相应修订外，美国、加拿大及墨西哥三国又分别在各个不同领域通过双边或多边的协商合作订立了新协议。

举例而言，在农业方面，1994年，美国同加拿大签订了《美加小麦协议》（Canada-U.S.Wheat Agreement），对小麦及其制品的进出口加以严格的规定。此外，美国、加拿大及墨西哥于2007年三国在维多利亚签订了一份为期五年的三方能源合作协议（Trilateral Energy Accord），约定合作开发生物燃料，增加天然气供应，缓解温室效应等。^[39]在通信方面，美墨两国根据《北美自由贸易协定》第1304条第6款签订了《美墨关于统一电信设备检测标准的双边承认协议》（Mutual Recognition Agreement between the Government of the United States of America and the Government of the United Mexico States for Conformity Assessment of Telecommunications Equipment），约定了双方在远程通讯设备检测标准上的相互承认，并通过这份协议成立了远程通讯检测标准委员会（Telecommunications Standards Subcommittee，简称TSSC），并规定了相应的统一化进程时间表。^[40]此外，农业是《北美自由贸易协定》项下唯一未经三方共同协商所签订的部分，因此，美国、加拿大及墨西哥三国由双边磋商签订了三个不同的协议。加拿大与美国的协议主要包括了农产品的限制及有关的关税配额，而美国与墨西哥所签订的协议则主要是分阶段的贸易自由化。这些协议实质上就是《北美自由贸易协定》的实施细则和子协定，通过对《北美自由贸易协定》的实施进行细化规定，确保《北美自由贸易协定》在各个领域都能够得到贯彻和实施。(www.daowen.com)

最后，在《北美自由贸易协定》施行过程中，美国、加拿大及墨西哥三国也不断对《北美自由贸易协定》协议本身及其相关附属协议进行修订和修改。

举例而言，2005年1月1日，美国、加拿大及墨西哥三国对《北美自由贸易协定》附录401条作出了修订，对包括茶叶、香料、角叉莱胶、调味品、贵金属、速度控制器、家用设备、扩音器、恒温器以及各项机械设备及玩具在内的诸多产品扩大了适用原产地规则的范围。^[41]又如在2005年1月，美国、加拿大及墨西哥三国对9类香料，12类含油种子及水果，13类树胶、树脂及其他植物性汁液，21类杂项食物，71类珠宝，85类电机设备，90类测量工具及95类玩具原产地规则之适用加以修改。^[42]在2006年7月，美国、加拿大及墨西哥三国对可可、蔓越莓汁、矿石、矿渣、尘灰、皮革、羽毛制成品、人造花、玻璃及玻璃制品、铜、镍、铅、锌、锡及其他基本金属、电视、信息技术协议下的货物和数控仪器等物品的原产地规定进行了相应的修改。^[43]同年同月，美国、加拿大及墨西哥三国同时完成了对皮革产品之原产地规定的修订，以及对爬虫类皮革之原产地规定修改，并可使用区外之胶水、三叶形螺旋织维棉（Viscose Rayon、Tri-lobal Rayon Staple Fiber）以及非加工尼龙纱（Untextured Yarns of Nylon）生产符合《北美自由贸易协定》原产地规定之纺织品。^[44]

随着《北美自由贸易协定》的不断发展，《北美自由贸易协定》区域内的关税越来越低，最终在2008年1月1日迎来了《北美自由贸易协定》的最重要里程碑，在这一天，《北美自由贸易协定》成员国境内最后的关税及配额规定正式废止，北美大陆实现了真正意义上的自由贸易。^[45]