虽然有标底计价模式下业主在选择施工单位和确定工程造价方面有了较大的自主权，对控制工程造价、保证工期与质量起到了较大作用，但仍存在明显的缺陷和不合理性，其主要问题表现在以下几方面。

1.不利于投标人的充分竞争

招投标制度的本意就是在公平、公正、公开的条件下，让参与投标的各方发挥自身优势，压倒竞争对手，获得中标机会。而在标底的局限下，投标单位只能根据统一的预算定额和费用定额报价，以求最接近标底，使得投标竞争演变成“预算竞赛”，投标单位自身所拥有的管理水平优势、技术水平优势、物资采购渠道优势等在报价上无法体现，把竞争范围限制到了无法再小的范围，从而无法实现招标者降低工程建设成本、谋求最低合理报价的初衷。

2.不利于提高施工企业的管理水平

预算定额、费用定额是根据社会平均水平编制的。在有标底的招投标制度下，施工企业要根据社会平均水平去编制投标报价，对采用先进技术和管理方法去降低个别成本缺乏紧迫感，满足于现有管理水平，久而久之，形成一种惰性，对提高我国施工企业的管理水平不利。(www.daowen.com)

3.价格不能正确反映市场供求情况

招标方编制标底和投标方编制报价都是以定额为依据的，而预算定额和费用定额都存在着滞后性。定额本身的编制过程需要较长的时间，待其编成时已与当时价格不符，更何况一次定额编制完成后要沿用好多年，在价格方面的滞后性不言而喻。因此在此基础上编制的标底和投标报价都是无法正确反映现时的价格水平的。

4.容易产生腐败现象

由于以是否接近标底作为评价的主要依据，报价的目标瞄准标底越接近越好，但是在同一套图纸、同一套定额的条件下，由于企业管理水平的不同，施工方案的不同，编制人员着眼点不同，得出的造价也会不同。为谋求中标机会，引发施工企业通过行贿等不正当手段套取标底，导致腐败现象的产生。