集成动员的指挥结构不同于以前的国民经济动员指挥结构。以前的国民经济动员指挥结构是国民经济动员机构同时指挥所有被动员的对象，而集成动员则强调专业化指挥。

应该说，国民经济动员机构直接指挥所有被动员的对象是传统动员体制的显著特征，并且，似乎也有法律依据，因为职能部门在其职能范围内，有权发布命令和规定。但是，这里还是有细微的差别，因为它忽视了国民经济动员机构的性质。

我国现行国民经济动员体制是在改革开放以后，由原来的战争动员体制机制演变而来的。在改革开放之初，所谓的国民经济动员准备，实际只有兵器工业动员准备，其他行业的国民经济动员准备并没有同步跟进。当时，主管国民经济动员的是国家计划委员会国防司；兵器工业总公司计划局设立了“地方动员处”。(www.daowen.com)

1994年，国家国防动员委员会成立，这是一个协调国防动员各方面的议事协调机构。这种性质的机构，以前在国家机构序列里被称为“非常设机构”，后来考虑到它的存续实际与“非常设”这个名称相矛盾，才改称“议事协调机构”。议事协调机构，是指为了完成某项特殊性或临时性任务而设立的跨部门的协调机构。国务院议事协调机构承担跨国务院行政机构的重要业务工作的组织协调任务，其设立、撤销或者合并由国务院机构编制管理机关提出方案，报国务院决定。其属于严格控制的机构，一般不设实体性办事机构。因此，国家国防动员委员会作为议事协调机构并没有实体性的办事机构，成立之初主要有四个办事机构，即人民防空办公室、交通战备办公室、人民武装动员办公室和国民经济动员办公室，前三个办事机构的职能由中央军委有关部门承担，而国民经济动员办公室的职能由国家计划委员会承担，具体地，由国家计划委员会国防司来承担。

在地方层面，国民经济动员机构的地位和职能也一直没有统一。由于国家不再要求各级政府完全按照中央政府的机构设置来设置本级行政机构，所以，各省级国民经济动员办公室的设置也很不一致。有些省份设置的是同级国防动员委员会的国民经济动员办公室，有些省份设置的是同级发展和改革委员会的国民经济动员办公室，还有些省份设置的是本省的国民经济动员办公室。甚至，有些省市一度取消了国民经济动员办公室的建制。2013年之后，国家发展和改革委员会，以及各级国防动员委员会也都积极致力于机构设置的改革和完善。目前，一部分省份在其发展和改革委员会内设立了经济与国防协调发展处，有很多省份依然维持原有的设置。直到今天，体制的问题一直没有得到彻底的解决。