在2001年11月于多哈举行的WTO第四届部长级会议上，中国和中国台湾（以中国台北名义）先后被接纳为WTO成员。但作为WTO成员的两岸关系很不正常。台湾当局主张将两岸经贸关系和“三通”问题纳入WTO框架下去处理，并组成FTA活动。大陆则坚持在WTO下，两岸经济贸易方面的问题，属中国内部事务，应在“一个中国”原则下磋商解决，不须通过WTO，抵制其与其他WTO成员组成FTA的活动。

与此同时，台湾当局对大陆在WTO中的活动处处设防，通过在野党（国民党）间接推动两岸经贸关系。整体而言，大陆在WTO内，与台湾当局的关系陷入僵局且处于被动地位，长此以往，对大陆弊多利少。

第一，大陆做法为台湾当局对大陆实行“三不通”政策找到借口。

第二，阻止不住台湾当局利用WTO成员身份对大陆进行反倾销等活动。(www.daowen.com)

第三，阻止不住台湾当局利用WTO成员身份组织FTA活动。因为WTO规则中没有不允许作为成员的单独关税区不能组织FTA活动的条款，且台湾当局早已参加APEC。

第四，通过在野党推动两岸经贸发展使台湾当局占了便宜。因为在野党没有公权力，在野党与大陆谈判的结果，只有台湾当局确认后，才能实施。

第五，随着两岸经济贸易事务的加多，在台湾当局坚持按WTO成员身份与大陆处理经济贸易关系时，大陆如回避，不能阻止台湾单方面采取措施。