会计信息系统的核算方法是在会计信息系统中，对经济业务进行系统、完整、连续的记录和计算，为经营管理提供必要信息所应用的方法。

1）建立账套

在应用会计信息化软件开展会计信息管理工作之前，先要在系统中建立当前会计主体独立使用的账套。账套就是会计核算单位记录一套账务数据所用的电子文档的集合。在系统中可以为多个企业或一个企业的多个独立核算单位分别建账。其功能包括账套的建立、修改、删除、引入、输出、参数设置等。在建立账套时，一般至少需要确定账套编号、账套名称、行业及会计制度、起始会计期间、编码方案等参数。

2）基础设置

基础设置就是在账套建立的基础上，全面构建会计的核算体系，主要包括设置操作人员及编码体系的构建，如会计科目代码、部门代码、往来单位代码、人员代码、物料代码等。

3）业务初始化

业务初始化就是输入初始余额，将原来已经存在于旧系统的业务初始数据转入新的信息化系统中，如会计科目期初数据、固定资产期初数据、应收应付期初数据等。业务初始化设置完成后，需要启用账套，启用账套后才能进行日常业务处理。在结束初始化进入日常业务处理后，一般不允许再修改初始设置的相关信息。

4）填制凭证

填制凭证是会计信息系统业务处理的核心之一，它是会计信息的上游系统和数据入口，因此，要确保数据处理的正确性和操作的方便与高效性。凭证管理的主要功能包括凭证的录入、修改、查询、汇总、审核、记账等，另外还包括常用摘要维护、常用凭证管理、期末自动转账凭证的定义与生成等。凭证的录入一般有两种主要方式，一是直接在系统中填制凭证，二是自动转账生成凭证。在会计信息系统中填制凭证时，凭证中各数据项会根据类型、范围和勾稽关系进行有效控制。如会计分录中的会计科目必须在设置的会计科目表中已经存在，并且是最底层的明细科目。根据当前科目的属性确定是否具有辅助项目，如往来单位、结算单据号等。自动转账分为两个层次：一个层次是在总账系统中定义并使用的自动转账；另一个层次是在各个子系统中定义和使用的自动转账，如工资系统中进行的工资费用分配，固定资产系统中进行的资产折旧计提等。(www.daowen.com)

5）登记账簿

账簿管理的主要功能包括科目账表、部门账表、往来账表、项目账表等的管理。账簿管理应能按各种不同的要求，快速地生成各种格式的总账和明细账，并能按用户定义的各种组合条件生成各种发生额与余额表，以及各种辅助账表等。登记账簿主要是更新相关科目的发生额和余额，真正的会计账簿一般是在账簿查询时生成。

6）期末结账

结账分为月结和年结两种。月结是在每月月底进行，不仅要结转各账户的本期发生额和期末余额，还要进行一系列的处理。如检查本月的记账凭证是否全部审核和记账；检查科目之间有关数据是否平衡，相关辅助账是否进行了处理，其他各业务子系统是否结账等。年结是指系统自动产生下一年度的初始数据文件，如会计科目余额及发生额文件、记账凭证文件等，并结转年度余额，同时自动对各业务子系统的数据进行跨年度连续使用的处理。

7）编制会计报表

报表管理的主要功能包括标准报表模板、报表格式定义、报表公式定义、报表数据管理、报表汇总等。报表管理是通用系统，它不仅可以处理会计信息系统的财务报表，而且还可以处理各业务管理系统的报表，可以读取不同账套的数据，对不同账套的财务报表进行汇总、合并等。

在会计软件中，编制会计报表分为两个步骤。第一步是设计会计报表格式，定义数据来源计算公式；第二步是在具体会计期间，自动生成当期会计报表的结果。设计完成的会计报表可以长期使用，每年可根据新的科目设置、业务变化做相应的变动。