理论界对浦东新区的研究主要集中在对综合配套改革的理论诠释，浦东综合配套改革试验区与以往经济特区的区别，浦东新区综合配套改革的目标、任务和为其献计献策等方面。在对综合配套改革理论诠释方面，有些学者认为综合配套改革试验区的含义是“顺应经济全球化与区域经济一体化趋势和完善社会主义市场经济体系内在要求，在科学发展观指导下，国家所建立的以制度创新为主要动力，以全方位改革试点为主要特征，对全国社会经济发展带来深远影响的试验区”。其最大优势是具有先行先试的政策制定权，试验区可以较好地凭借这种优势寻求经济社会的全面发展。^[1]这种观点具有相当的代表性。还有学者就综合配套改革试验区的具体作用进行深入探讨，指出其发展还需要有自生能力，以便使试验区全面突破和获得持续发展，而且需要对其他地区的发展起到示范作用。认为综合配套改革试验区的特征应包括以下方面:一是以科学发展观为指导思想，在综合配套改革实践过程中，持续、和谐和规范将是衡量综合配套改革成效的关键性标准；二是改革重心转向政府管理体制，通过规范政府行为，使市场化改革、法制化进程、国际化环境和和谐化社会有机制，通过规范政府行为，使市场化改革、法制化进程、国际化环境和和谐化社会有机结合在一起，切实地保证改革试验适合发展阶段的内在要求，适应发展环境变化，顺应发展战略的转变，试验成果体现出发展阶段、发展环境和发展战略的动态统一。^[2]

在浦东新区综合配套改革的基本目标方面，结合国家对浦东新区的改革要求，现有研究一般认为浦东新区应当建立制度完备、运行高效的市场经济体制，基本形成充分激发自主创新活力的有效机制，形成有利于实现统筹、协调发展和构建和谐社会的制度环境，形成与经济全球化趋势和开放经济相适应的经济运行规则体系。针对基本目标，浦东新区改革的主要任务是转变政府职能，构建从事经济调节、市场监管、社会管理和公共服务的责任型政府；推动要素市场发展和金融创新，完善现代市场体系；探索混合所有制的实现形式，增强微观经济主体活力；大力培育和发展中介组织，提高经济运行的组织化程度；加快推进公共部门改革，促进经济社会协调发展；加快科技体制创新，增强自主创新能力；探索建立人力资源优先积累机制，全面有效地推进人力资源开发；加快破除城乡二元结构的制度障碍，推进城乡统筹发展；建立科学的调节机制，完善与经济社会发展水平相适应的收入分配与社会保障体系；扩大对外开放，形成适应国际通行做法的市场运行环境等。^[3](www.daowen.com)

在对浦东新区综合配套改革实践进行研究的基础上，一些学者还提出了自己对浦东改革举措的建议，如重塑理念，消除原有的“唯地区经济发展”和“长官意识”等理念，扭转长期存在的优先发展导向下的路径依赖和惯性理念，培育起从全国大局出发，把改革试验的主动性、积极性和前瞻性作为基本的理念，把地区利益与国家利益、当前利益与长远利益有机地贯彻在改革思路之中；关注利益协调问题，既要关注经济利益方面，减少中央与地方和各试验区之间的利益摩擦，又要关注权力利益方面，处理好放权和用权的关系；^[4]加强与其他试验区的综合配套改革合作，加强统筹区域的发展，借鉴世界经济特区和我国经济特区的运行经验进行制度创新；^[5]把深化政府管理体制、金融体制、涉外经济体制、科技管理体制和区域联动机制的改革作为进一步推进浦东综合配套改革的着力点等。^[6]转变政府职能和推进行政管理体制改革是浦东新区综合配套改革的重点之一，就此方面的研究成为试验区研究的一个特色。有的研究指出，浦东新区按照强化公共服务和社会管理职能，创新管理方式，提高政府效能，加强行政监管的要求，重点进行四个方面的改革:一是加强制度建设，提高政府行政效能；二是围绕加强依法行政，探索执法管理新机制；三是加强社会管理和公共服务职能，构建便民利民的服务体系；四是改革企业登记制度，鼓励公众创业。^[7]