建设自由贸易港区，必须构建科学高效的管理体制，既实现国家对自由贸易港区宏观管理的统一和权威，同时又能够保证自由贸易港区运行的高效。世界上自由贸易区建设比较好的国家，其自由贸易区的管理体制都是按照科学高效的原则建立的。在宏观方面，通常都设有专门的管理机构，负责对全国各地的自由贸易区进行设区审批、监督、检查和协调管理。如，美国的外贸区委员会就是联邦政府领导的直接管理全国所有外贸区的最高机构；韩国政府于1973年设立了工业区管理局，在工商部领导下，负责管理全国所有自由出口区的全面开发工作。在微观方面，一般有两种基本模式:一种是政府管理模式，由所在国家或地方政府的派出机构或特设机构对自由贸易区实行综合性管理，如新加坡、泰国、菲律宾、意大利、巴西、墨西哥等国。在这种模式下，自由贸易区的管理机构往往注册一个或几个开发经营公司，负责自由贸易区的具体开发经营事务；另一种是公司管理模式，由政府授权一家专业管理公司或新设置一家管理公司，专门从事自由贸易区的开发建设和经营工作，同时代行部分行政管理职能，其他的专业管理事务由相应的政府主管部门予以管理。实行这种管理体制的国家一般是发达国家或自由开放程度较高的国家，如美国、巴拿马、爱尔兰、印度尼西亚和马来西亚等。

建立符合我国国情的科学高效的自由贸易港区管理体制，需要从宏观和微观两个方面入手。在宏观上，成立一个专门的管理机构，其成员由商务部、海关总署、税务总局、外汇管理局和其他相关部委的领导组成，其职权主要是制定政策和指导协调；在微观上，应该采取政府监管下的公司管理模式，设立一个统一、精简、高效的开发管理机构，全面负责自由贸易港区的开发、建设和管理，实行企业化管理，提高建设效率。(www.daowen.com)