近年来，为了进一步突破经济发展中的瓶颈问题，长三角地区加快了创新合作的步伐，为建立区域创新体系、提升区域创新能力和增强区域竞争优势创造了条件。然而，尽管长三角三省一市在推进创新合作方面取得了一定进展，但仍然存在一些问题亟须突破，突出表现在：

（一）产业同构现象明显

长三角区域创新集聚性和协同性的良性互动亟须优化，最典型的区域就是体现在产业发展方面。就整体来看，由于统一规划的缺失，长三角城市群城市功能存在分工不明确的缺陷，各城市缺乏一贯坚持的既定产业发展方针，加之“行政区经济”的影响，产业发展各自为政，缺乏有效分工与整合，致使长三角各城市之间产业布局的“梯次差异”和互补性不强，产业结构相似系数较高，趋同现象较为严重。例如，长三角各城市的主导产业选择中，有11个城市选择汽车零配件制造业、8个城市选择石化业、12个城市选择通信产业。截至2015年，区域内共有53个国家级开发区，其中江苏省26个、浙江省21个、上海市6个，上百个省级开发区。长三角地区高技术产业的发展不论从现有产业结构形态考察，还是从产业发展规划上分析，均具有较大的趋同性，特别是集成电路、软件、制造业等产业，产业无序竞争激烈。

产业结构趋同严重，导致各城市在招商引资和外贸出口方面恶性竞争、重复建设、资源配置不合理，区域中心城市的产业转移活动并不显著，有明显的放缓迹象。如上海在产业政策导向上积极鼓励郊区工业化的发展，进一步加剧了与周边地区在吸引外资和其他生产要素等方面的比拼和争夺，结果导致产业转移明显放缓，技术转移相应弱化，科技合作趋于停滞。

（二）整体创新水平仍待提高

企业创新能力仍显薄弱。近年来，长三角地区企业原始创新能力显著增强，并涌现出一批具有国际竞争力的创新型企业，但是，从整体来看，企业创新主体优势尚未显现。长三角地区除少数大中型企业外，绝大多数企业自主创新能力还不强，缺少拥有自主知识产权的核心技术。就研发投入来看，企业的技术研发投入占比不高，技术创新链不够健全，企业在全社会的技术创新中，还没有成为真正的主导力量。由此，就区域整体来看，投入的不足导致企业技术创新不够，产业整体技术装备水平不高，真正技术含量高的产品不多，缺乏具有国际竞争力的高端产品。

科技创新资源尚未得到有效整合。尽管长三角地区与全国其他地区相比，知识、信息、人才等创新资源较为丰富，然而由于一体化的实现机制缺乏顶层设计，整体层面尚未建立协调机制，区域内创新资源大多仍处于分离、分割和分散状态，科技资源尚未转化为整体创新优势，创新要素也未得到合理的配置使用。上海与江苏、浙江、安徽各城市之间缺乏综合协调机构和机制，三省一市区域内尚未形成突破行政区划的开放互动、优势互补、高效运行的区域创新体系。其中，作为区域创新龙头地位的上海，科技成果转化能力尚不健全，其科技服务功能仍需进一步加强，跨区域产学研体系尚待完善。因此，上海在建设具有全球影响力的科技创新中心进程中，首先需要带动周边江苏、浙江和安徽的创新能力提升和科技成果转化，引领产业转型升级，推动长三角区域创新经济发展。

（三）区域共同要素市场尚未形成(www.daowen.com)

由于长三角城市群具体城市没有形成明确的分工，所以尽管合作交流日益频繁，但一些重要的创新要素共同市场尚未形成。

首先，人才流动自由化程度不高。知识经济时代，人力资本要素已成为经济发展中最具创造性的要素。人才的合作培养与交流，从某种意义上就意味着知识和科技的交流与合作。长三角经济发展迅猛，对人才的吸引力与日俱增，大批高素质的人才流入长三角。为进一步加速人才的流动，长三角三省一市签订了一系列协议和文件，也推出了许多具体措施，然而，行政壁垒、部门分割、地方利益保护、传统的偏见成见等因素使沪苏浙三地的科技单位和部门尚不能彻底联合起来，共同发挥科研力量的作用，充分调动全部科技资源的潜能。人才流动仍受到户籍制度和伴随户籍制度的社会福利保障制度以及各地人才政策的制约。两省一市有关部门尚未联合制定相关的统一政策，科技人才自由流动急待全面保障。

其次，区域金融市场尚未形成。上海一直以来致力于建设国际金融中心，国际影响力也一直在不断提升。然而，就对内的辐射来看，上海对长三角地区的金融服务功能亟须进一步增强。以长三角地区内部的资金流动情况为例，上海是长三角地区资金流动的枢纽，浙江、江苏、安徽之间的资金流动相对比重较小，但上海与长三角地区的资金联系却并不紧密。如上海与浙江之间的资金流动从2007年占江苏、浙江、上海总体比重的40%一路下行至2013年的37%，这足以说明上海与浙江的资金联系不仅没有更为密切，反而呈现下降态势，这一现象也在一定程度上反映了上海的金融功能与长三角地区实体经济发展和金融需求的尚不匹配。上海不仅在长三角地区资金和金融产品的流转方面没有发挥应有的作用，在金融制度创新方面的引领作用也需要进一步加强。

（四）合作协调机制仍待深化创新

长三角目前区域合作的制度化程度相对较低。尽管近几年来，三省一市政府为了促进区域科技合作与技术的转移，联合陆续制定出台了一系列有关政策，签署了各方面的合作协议，但多数仍然只是地方政府倡导式的非制度性合作协调机制。政府间许多共识缺少稳定性，缺乏法律效力，往往因地方领导调动而使合作机制失灵。各地方政府间合作一般采取集体磋商的形式，这种形式容易在涉及实质性利益的问题上，由于分歧太大而无法达成共识。因此，地方保护主义政策和种种干预仍然存在，对开展跨地区科技合作与技术转移活动实施种种干预，各地科技政策不统一且不能共享，严重制约了地区之间的科技合作活动的展开。

长三角一体化的组织形式相对较为松散。由于没有形成一套制度化的议事和决策机制，也没有建立起一套功能性的组织机构，区域政府间的合作成本仍然很高。长三角各城市以自身经济利益最大化为目标，不惜降低区域经济资源的配置效率。如许多地方政府为了尽可能地争取更多的外资，突破许多企业所得税优惠政策底线，实行税收减免或者收税后又变相返还的“土”政策，恶性竞争屡见不鲜，难以遏制。地方恶性竞争最直接的后果是不利于长三角区域内公平营商环境的营造，更为严重的后果是人为地扭曲和降低了外资企业的运营成本，使得一些技术落后、市场竞争力不强的企业也进入长三角地区，导致产业结构的逆向选择不断出现，最终影响整个长三角地区的产业结构转型升级。