农村税费改革的开展及各项改革措施的实施已取得了明显的成效。但是，由于在落实改革政策时沟通协调不够等原因，在具体推进农村税费改革的过程中也给农业水价改革、农田水利基础设施良性运行、节约用水和水管单位生存与发展带来了一些不利的影响：

1.对推进农业水价改革的不利影响

这些不利影响主要体现在以下两个方面：

（1）改变了农民“用水缴费”的观念，淡化了水商品意识，加大了推进水价改革的难度。一些农民，甚至一些村、乡领导干部都认为，全社会都在支农、扶农和减负，只有水利还在向农民收费，“皇粮国税”都免了，为何水费不能减免。

（2）在减免农业税的同时，强化了农民对拒缴水费的心理预期，严重影响了水费的计收管理。根据国家税费改革的有关规定，农民历年所欠的税费可以缓交或减免，这本是一个减轻农民负担的好政策，但是，却给农民造成了一种不合理的心理预期，即“不交水费等减免”。这给水管单位水费收缴带来很大的困难，导致了农业水费的收取率下降。

2.对保障农业综合生产能力的不利影响(www.daowen.com)

（1）水价远未达到供水成本，水费收取率很低。许多水管单位有限的水费收入连支付职工的工资都不够，根本没有能力去承担渠系的运行维护。

（2）国家的政策规定取消“两工”以后，水利设施的运行维护需要农民采取“一事一议”的形式来进行，但在实践中却很难落实，导致灌溉面积严重萎缩。如某一灌区的自流灌溉面积已由原来高峰时期的90多万亩下降到2004年的30多万亩，减少了2/3的面积。

3.对水管单位生存与发展的不利影响

许多水管单位职工工资欠发，职工队伍不稳定，人员流失严重。如某灌区管理所，由于水费收入少，工资发放没保障，80多名职工，在岗的只有38人，其他人员外出打工自谋生路；一些地方水管员一年实际领到的工资不足1000元，工资收入低于当地的最低生活保障线。