山东省各级水利部门高度重视水利工程管理工作，通过长期不懈的努力，取得了显著成效。特别是通过病险水库除险加固、河道整治及堤防建设等措施，工程面貌焕然一新，随着水管体制改革的不断深入，适应经济社会发展要求的水利工程管理体制和运行机制得到逐步建立和不断完善，保证了水利工程的安全运行和效益的充分发挥，为防洪保安、饮水安全、农业灌溉、生态环境等提供了有力保证。

泰安市针对大汶河采砂管理的混乱局面，从理顺管理体制、健全管理体系入手，实行由水行政主管部门统一管理，明确专门的管理机构和队伍，以打击非法采砂，整顿运砂、储砂秩序，建立长效管理机制为突破口，实行水政、公安、交通联动，有效地遏制了大汶河流域采砂的混乱局面。淄博市按照“统一规划、属地治理、分期实施、市场运作”的原则，坚持高起点规划、高标准建设、高效能管理，对区内的孝妇河、淄河进行流域综合治理。治理工程坚持人与自然和谐相处的理念，以河道综合治理和改善水环境为主线，把防洪除涝、水污染防治、交通、旅游、园林、绿化等综合整治紧密结合，力争把河道建成防洪安全的保障线、道路畅通的交通线、景色秀丽的旅游线、内涵深厚的文化线和人居环境良好的居住带。目前，第一阶段城区河道整治工程已初具规模，河道面貌发生根本变化，河道管理水平得到明显提高。济宁市大力推进水利工程管理考核工作，有力地促进了水利工程的规范化管理。(www.daowen.com)

由于历史原因，在水库管理中仍然存在着水库大坝等工程管理与库区、岸线管理不统一的问题。如滕州马河水库，由于水库工程与水面管理分属于不同的管理部门，水库养殖无节制发展，严重影响了水库水质。有的作为城市水源的水库，如淄博的萌山水库，由于上游工矿企业排污得不到有效控制，影响了水库水质。水利工程管理和保护范围有的尚未确权划界。