建立健全水利行政许可配套制度，规范水行政许可行为，保护公民、法人和其他组织的合法权益，加强对水行政许可的监督管理，是构建公开、公正、透明、高效和便民的水行政许可实施机制的制度保障。水利部结合水行政许可工作的实际，先后颁布施行了《水行政许可实施办法》（水利部令第23号）和《关于印发水利部规范性文件审查与备案管理办法的通知》，目前正在抓紧组织制定《水行政许可听证规定》、《水利部实施行政许可工作管理规定》、《水行政许可法律文书示范格式文本》和研究起草《水行政许可评价管理办法》、《水行政许可责任追究规定》等水行政许可配套制度。

各级水行政主管部门都及时制定了水行政许可的听证、咨询论证、监督检查、责任追究等配套制度。例如长江水利委员会制定了《长江委行政许可实施程序规定》、《长江委听证制度》、《长江委行政许可文书格式文本（试行）》等规范性文件，太湖流域管理局制定了《太湖流域管理局行政许可暂行规定》，上海市水务局制定了《行政审批监督和责任追究的暂行规定》，湖南省水利厅制定了《行政许可实施程序规定》、《听证工作规定》、《行政许可监督检查规定》、《行政许可窗口管理规定》、《湖南省水行政许可省管范围及权限规定》等。(www.daowen.com)

这些制度的建立和执行，有效地规范了水行政许可行为，促进了公开、公正、透明、高效、便民的水行政许可实施机制的建立和健全，同时也为从源头上有效惩治和预防腐败，为水行政主管部门廉政建设提供了制度保障。