行政许可相关清理工作是进一步推进行政审批制度改革、贯彻落实《行政许可法》的重要环节，各级水行政主管部门按照《行政许可法》的规定和国家对行政审批制度改革的总体要求以及各级政府的具体部署，分别对水利行政审批项目、实施主体和依据进行了认真清理与规范。

按照国务院行政审批制度改革工作领导小组办公室（以下简称“审改办”）要求，水利部积极开展了行政许可项目清理工作，将2001年以来清理出的水利行政审批项目106项，进一步分解为行政许可项目和非行政许可审批项目。经国务院审改办审查，认为其中40项不属于行政审批项目，在认定为行政审批项目的66项中，有23项被取消或转变管理方式，占34%。同时，水利部依据有关水事法律、行政法规的规定进一步梳理了行政审批项目，2005年4月以水利部公告形式，分别将法律和行政法规设定的水利行政许可项目23项、国务院决定设定的水利行政许可项目13项、国务院办公厅公布保留的水利非行政许可审批项目14项、国务院决定取消的水利行政审批项目12项和国务院决定改变管理方式的水利行政审批项目11项予以公布，明确和规范了水行政许可项目的名称、实施主体和设定依据等，对全系统的清理工作起到示范和指导作用。一些省级水行政主管部门参照水利部的公告，对行政审批项目进行了调整、补充和规范。

从调研情况看，地方各级水行政主管部门清理出的水利行政审批项目的数量和比例比较大，一般都在20%～40%之间。吉林、上海、安徽、山东、湖北、重庆、新疆等7个省（自治区、直辖市）共清理审批项目337项，取消和转变或调整管理方式的项目98项，占总数的29%。目前，全系统的清理工作已经基本结束，部分地市、县级清理工作还在进行中。(www.daowen.com)

各级水行政主管部门和流域管理机构在清理水利行政审批项目的同时，按照《行政许可法》和国家对行政审批制度改革工作的要求，全面清查了水利行政审批实施主体，重点纠正了未经法律法规授权的组织、水行政主管部门和法律法规授权组织的内设机构以自己的名义实施水利行政审批的行为，并向社会公布了清理结果。

为建立长效机制，巩固水利行政审批制度改革成果，各级水行政主管部门和流域管理机构根据水利行政审批项目的处理结果，对现行有效的水利行政审批依据，根据情况分别采取修改、废止等处理措施进行了系统的清理。对于保留的水利行政审批事项，修改完善有关法律、法规、规章和规范性文件，进一步明确水利行政审批的实施主体、条件、程序、期限、费用等内容；对于改变管理方式和取消的水利行政审批事项，修改或者废止有关法律、法规、规章和规范性文件，停止行政审批，并根据需要制定相应的后续监督管理措施。其中，水利部以水利部令第24号、第25号集中清理了水利行政审批依据，修改部规章3件和部规范性文件7件、废止部规范性文件11件，在此基础上又印发了《关于印发近期水利行政许可规定清理工作安排的通知》（办政法〔2006〕28号），对19件（涉及取水许可的3件合并为1件，实际为17件）需尽快修改或重新制订的部规章和规范性文件的立法工作作出了安排，确定了涉及水利行政审批项目名称、负责司局、司局负责人和计划完成时间，最迟于2007年完成全部清理工作（其中16件将于2006年完成）。