为了充分发挥新型农村合作医疗制度的效能，需要对制度本身存在的问题有清晰的认识，不断实现具体制度与管理的创新，对此，以下几个方面要逐渐完善：

（1）健全筹资机制，保障补偿水平的稳定和逐步提高

农民的医疗保障需求是不断增长的，医疗费用的总体变化趋势也是上涨的，即使对参合农民的医疗补偿水平不变，所需要的合作医疗基金也必须相应扩大。而要提高补偿水平，筹资水平就更需要相应提高。为此，建立富有弹性的合作医疗筹资机制是保障新型农村合作医疗制度持续稳定运行的根本性保证。在筹资机制上，以农民收入的一定比例来确定筹资标准（以县为基本单位）是一条可行之路，这样可以大大增加筹资机制的弹性，特别是在农民收入水平还不稳定的情况下，建立弹性的筹资机制更显必要。

（2）在准确“定位”医疗机构的基础上加强监管

医疗机构服务的不规范，除了管理上的缺位之外，还有制度层面的原因，即医疗机构的“定位”不清，一方面，要求医疗机构自负盈亏，自我发展；另一方面，要求它以社会责任为首位目标，让老百姓都看得起病。这是自相矛盾的要求，这反映出财政压力下“模糊决策”带来的困境。对于公立医疗机构，在生存与发展缺乏基本保障的条件下，要实现政府的监管目标是非常困难的。政府的投入必须到位，医疗机构不必为了生存而想方设法去“创收”，只有在此基础上，才有可能健全管理，实现有效监管。(www.daowen.com)

（3）防范基金运行风险，保障基金安全

新型农村合作医疗基金的风险是指合作医疗基金发生损失甚至破产的可能性。在一定的时候或一定的环境条件下，这种可能性也许会变成现实。合作医疗基金按其实际运行过程，在基金的筹集、存储和支付等各个环节中都存在管理上的风险，为此，制定有针对性的防范措施和科学的管理制度，是保障新型农村合作医疗制度持续运行的关键。

（4）多方参与，共同解决农民工医疗保障问题

将农民工纳入国家统一的基本医疗保障体系，让其享受与城市居民同等的待遇，是解决农民工医疗保障问题的最终方向。现阶段，应由流入地和流出地统筹解决这一问题，按照“低费率、保大病”原则为农民工建立多层次的大病医疗保险。