相比旧农村合作医疗制度而言，新型农村合作医疗制度有以下一些新特点：

（1）政府经济责任新

与旧农村合作医疗制度相比，新型农村合作医疗制度最大的特点在于它明确规定了各级政府的资金补助职责，而这在传统农村合作医疗制度中是从未有过的。政府担任“出资人”角色的行为是新型农村合作医疗制度的重大突破，具有重大意义，它充分体现了国家对农民健康的高度重视和办好农村合作医疗的决心，必将推动制度的顺利发展。

（2）管理与监督机制新

新型农村合作医疗制度在管理与监督机制上也有重大突破，其主要实行县级统筹，统筹形式高于过去的农村合作医疗制度。统筹层次的提高扩大了合作医疗制度的风险池，提高了制度的抗风险能力。在管理机构设置方面，新型农村合作医疗制度具有多部门协调和公众参与的严密规范的管理体系，它符合制度涉及面广的特点，有利于减少部门间的摩擦成本，聚合各部门力量，共同推进制度的发展。同时，新型农村合作医疗制度具有完善的监督体系，农村合作医疗监督委员会、同级人大、政协、社会各界和审计部门的多层次监督有利于制度的规范发展。(www.daowen.com)

（3）保障机制新

新型农村合作医疗制度明确医疗保障的重点是“大病”，即由于患重大疾病而发生的大额医疗费用，而不是指寻常小病导致的小额医疗费用，这符合保险学原理。在保险学中，可保风险有一个重要特征即有发生重大损失的可能性，对于那些频繁发生，损失金额小的事件不宜采用保险的形式。因为较小的损失金额一般人都能够轻松承受，参加保险反而会因为索赔程序复杂、保费高而不划算。从当前农村的现实来看，治疗小病的医疗费用农民一般都能够承受，然而一旦患上大病却很可能看不起病，或者出现因病致贫、因病返贫现象。在农村收入水平和筹资能力有限的情况下，无疑更应该将有限的资金用于大病而不是小病保障。因此，无论从理论还是实践上看，新型农村合作医疗制度的规定都更具科学性和可行性。

（4）资金管理使用新

新型农村合作医疗制度对资金管理做了严格规定，确定了农村合作医疗基金管理的原则、机构，以及支付范围、标准和额度等，使资金的收缴、储存、使用都按部就班，有章可循。这些资金管理、使用的规定，有利于防止和克服一些地区出现的合作医疗基金多头管理、收支失度、挤占挪用、跑冒滴漏等现象，从而保证合作医疗资金的安全性和完整性，保证参加合作医疗的农民的权益。