2002年10月，《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》明确指出，要“逐步建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度”，“到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民”。根据文件精神，卫生部、财政部、农业部三部委于2003年1月发布了《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》（以下简称《意见》），并对新型农村合作医疗制度做出了以下规定：

（1）性质

将新型农村合作医疗制度定位于政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。

（2）目标

到2010年全国建立基本覆盖农村居民的新型农村合作医疗制度，减轻农民因疾病带来的经济负担，提高农民健康水平。

（3）原则

新型合作医疗制度的建立要遵循以下原则：

第一，自愿参加，多方筹资。新型合作医疗制度筹资主要来自于三个方面：农民以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗，缴纳合作医疗费，乡镇、村集体经济提供的资金扶持，中央和地方各级财政给予专项资金支持。

第二，以收定支，保障适度。综合考虑农村经济发展水平和各方承受能力的现实，《意见》确定了“以收定支”的筹资原则，明确筹集的资金要能够保证新型合作医疗制度得以持续有效运行，且农民能够享有最基本的医疗服务。(www.daowen.com)

第三，先行试点，逐步推广。针对我国各地农村经济发展水平和建立合作医疗制度的基础条件差异巨大，以及影响合作医疗制度发展的因素复杂的现实，《意见》没有“一刀切”，硬性要求全国各地“一哄而上”建立新型农村合作医疗制度，而是规定各地要从实际出发，通过试点总结经验教训，不断完善，稳步发展。随着农村社会经济的发展和农民收入的增加，逐步提高新型农村合作医疗制度的社会化程度和抗风险能力。

（4）组织管理

新型合作医疗制度一般以县、市为单位进行统筹。在管理方面，《意见》要求按照精简、效能的原则制定管理体制。省、地级政府成立由卫生、财政、农业、民政、审计、扶贫等部门组成的农村合作医疗协调小组。各级卫生行政部门内部设立专门的农村合作医疗管理机构。县级人民政府成立由有关部门和参加合作医疗的农民代表组成的农村合作医疗管理委员会，负责有关组织、协调、管理和指导工作。委员会下设经办机构，负责具体业务工作。《意见》还明确指出，经办机构的人员和工作经费列入同级财政预算，不得从农村合作医疗基金中提取。

（5）资金筹集

《意见》规定，新型合作医疗实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的三方筹资机制。其中农民个人每年的缴费标准不低于10元，有条件的乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗制度给予适当扶持，地方财政每年对参加新型农村合作医疗的农民的资助不低于人均10元。新型合作医疗筹资还利用了财政转移支付机制。从2003年起，中央财政每年通过专项转移支付，对中西部地区除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民按人均10元的标准提供补助。

（6）资金管理

在资金管理方面，《意见》明确规定，农村合作医疗基金要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正原则进行管理，必须专款专用，专户储存。具体而言，农村合作医疗基金由农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理，经办机构要定期向农村合作医疗管理委员会汇报农村合作医疗基金的收支、使用情况，并采取张榜公布等措施向社会公示。