随着合作医疗的瓦解和医疗卫生领域的市场化改革，农民的健康保障问题越来越突出。由于合作医疗制度的历史价值，加上它对政府财政没有依赖性，从民间到政府部门，都对合作医疗制度充满赞誉之情和浓厚的“依恋情结”，总是希望能够继续让合作医疗发挥更大的作用。自20世纪80年代中后期以来，地方自发恢复和重建合作医疗的努力一直没有中断过。

1991年国务院批转了卫生部等部门“关于改革和加强农村医疗卫生工作的请示”的通知，指出要“稳步推行合作医疗保健制度，为实现人人享有卫生保健提供社会保障”。1993年，中共中央在《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中提出，要“发展和完善农村合作医疗制度”。1994年，国务院研究室、卫生部、农业部与世界卫生组织合作，在全国7个省14个县（市）开展“中国农村合作医疗制度改革”试点及跟踪研究工作。经过几年的试点、恢复与重建，到1997年农村合作医疗有了一定程度的恢复，但覆盖率也仅占全国行政村的17%，农村居民参加合作医疗的比例仅为9.6%。

1996年全国卫生工作会议上，江泽民总书记明确提出“加强农村卫生工作，关键是发展和完善农村合作医疗制度”。1997年，中共中央、国务院在《关于卫生改革与发展的决定》中，更加完整地提出要“积极稳妥发展和完善合作医疗制度”。1998年，十五届三中全会通过《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，强调“完善农村医疗卫生设施，稳步发展合作医疗，提高农民健康水平”。2001年，国务院办公厅转发国务院体改办等部门《关于农村卫生改革与发展的指导意见》，强调“继续完善与发展合作医疗制度”。(www.daowen.com)

2002年，政府制定了《中国农村初级卫生保健发展纲要（2001～2010年）》，提出要“完善和发展农村合作医疗，探索实行区域性大病统筹，逐步建立贫困家庭医疗救助制度，积极实行多种形式的农民医疗保障制度”。2003年1月国务院办公厅转发卫生部等部门关于《建立新型农村合作医疗制度意见》的通知，合作医疗重建工作再一次全面铺开。可以看出，自20世纪90年代以来，农村医疗保障制度建设的主调就是恢复和重建合作医疗，并逐渐从地方自发行为变成了中央决策。