“文革”结束后，合作医疗曾被当作“左”的产物，失去了政策上的支持；1982年以后，随着农村经济体制全面从人民公社下的集体经济向家庭联产承包责任制的转变，合作医疗迅速瓦解，根据1985年全国农村卫生服务调查显示，全国实行合作医疗的行政村比例由过去的90%以上猛降至5%。

合作医疗瓦解的直接原因是集体经济体制的瓦解。集体经济是改革前合作医疗资金的主要来源，集体经济的迅速解体使得合作医疗失去了资金筹集的制度基础，导致其急剧瓦解。但同时我们必须注意到，与农村经济体制改革（联产承包责任制改革）同步进行的财政体制改革和行政管理体制的变化同样对合作医疗的瓦解产生了不可低估的影响。

1980年，国家开始进行“划分收支，分级包干”的财政体制改革，1984年随着乡级财政的设立，全国许多省份改变了乡镇卫生院由县卫生局直接领导的体制，陆续把乡镇卫生院下放乡镇政府管理，财政支持减少，卫生院运转发生困难。1982年，乡卫生院减少了16%，卫生院床位减少了38%，卫生院人员减少了15%。同时随着联产承包责任制的推行，大批农村卫生室承包给乡村医生经营。于是，在农村合作医疗逐渐瓦解和基层卫生组织不断衰落的背景下，农村医疗体制出现了严重的后果。

（1）农村公共卫生、预防保健工作明显削弱，一些已被控制和消灭的传染病、地方病死灰复燃，新的公共卫生问题不断出现，农民的健康水平呈现出下降趋势。(www.daowen.com)

（2）医药费用不断上涨，广大农民不堪重负，看不上病、看不起病的现象相当普遍。2003年的调查显示，群众有病时，有48.9%的人应就诊而不去就诊，有29.6%的人该住院而不住院。因病致贫、因病返贫的农户明显增多。

（3）医疗资源分布严重失衡，城乡差距、东南沿海与中西部的差距、富裕地区与贫困地区的差距进一步扩大，医疗卫生服务的公平性进一步降低，总体绩效更加降低。

合作医疗全面瓦解以后，农民又回到了“谁看病，谁付钱”的医疗状态。农民既不能享受制度化的医疗保障，也不能获得价格管制下低廉的医疗服务。在这个阶段，农村医疗显得相当混乱，农村承受着医疗保障断层的剧痛。