目前，我国农村医疗存在以下三个严重的问题：

（1）城乡收入差距巨大，医疗价格背离农民收入

由于农民收入较低，城乡收入差距巨大，现今医疗市场的价格是依照城市居民的标准制定，农民面临的是统一的医疗市场价格，支付和城市居民一样价格的医疗费用，然而却享受不到城市居民的医疗保险。医疗价格极大背离农民实际收入的现象在中国农村普遍存在，造成农民“小病忍，大病挨，重病才往医院抬”。

（2）医疗资源“重城轻农”，农村医疗服务网络的资源配置不合理

我国目前的农村医疗体系设施落后、功能薄弱，体制不健全。大量的医疗资源集中在城市特别是大城市里，政府对基层农村卫生经费的人均投入还不及城市的四分之一，医疗资源配置呈现严重的城市偏好。另外医疗人才的配置也极不平衡。从整体看，中国每千人拥有的医生人数已经超过了国际平均水平，并不缺乏医疗人才。但因为乡镇卫生院条件差、收入低，没有良好的待遇和发展空间，医务人员不愿到那里去工作，导致农村医疗人才极其缺乏。(www.daowen.com)

据统计，占全国人口近70%的农村人口所占有的公共卫生资源不足全国总量的30%。农村每千人平均拥有不到1张病床，城市的平均数约为3.5张；农村每千人只拥有1名卫生技术人员，城市则在5名以上；农村人口医疗保险覆盖率为9.58%，而城市则为42.9%。

（3）农民观念难以转变，理解尚有偏差

农民群众由于受思想文化素质的局限，只能看到眼前的利益。年轻、身体好、经济条件比较好的农民认为合作医疗保障水平低，不愿意参保，只有那些年龄结构较大、健康状况较差、收入水平较低的家庭才愿意参保，这就造成了基金的资金到账率不高，而对高风险的参保人群，合作医疗基金则很难维持。