重大科技工程技术创新系统是由众多创新主体组成的，每个创新主体都将投入一部分自有创新资源进行系统的技术创新活动，其目的是获取各自所需的利益，包括社会利益、经济利益和技术利益等，追求不同的利益是创新系统各创新主体参与组织协同的原因。对于创新活动产生的利益，各创新主体如何分配和共享，是每个创新主体在投入创新资源进行协同创新之前就要明确的问题，因为它决定了各个创新主体在参与组织协同之后是否能获得预期的公平利益，也就决定了创新主体是否有意愿采取组织协同的行为。当系统中参与组织协同的创新主体获得的利益未能达到其预期时，或者利益分配不公平时，创新主体可能会采取消极的组织协同态度，甚或退出组织协同网络，严重影响系统创新的组织协同演进。对此，需要设计合理有效的系统利益分配机制以杜绝此类行为的发生，利益分配机制在组织协同过程中尤为重要。

利益分配机制需要在创新主体参与组织协同之初就确定下来，而不是在参与组织协同之后，在系统发展到一定阶段时就需要按照事先设计的利益分配机制进行相应的利益分配。每个创新主体在每次协同利益分配结束之后还会对其分配所得的利益进行评估，以确定是否达到预期的目标。通过设计和构建公平合理的利益分配机制，能够确保系统组织协同的稳定发展。在组织协同过程中，协同的各参与方应在考虑对方利益的基础上充分沟通，建立长效的利益分配机制。其间，政府机构应充分发挥其在重大科技工程技术创新过程中利益分配的监督作用，以市场为手段，完善监督机制，保障组织协同利益的合理分配，以建成一个科学、规范的利益分配机制。

由于各创新主体在系统创新过程中协同方式的差异，使各创新主体获得利益的形式也存在不同。一般可以概括为以下三种模式。

1.合作研发的协同利益分配模式

合作研发是重大科技工程技术创新系统创新主体间采取的主要组织协同方式，创新主体间的利益分配也在这种方式下开展。各创新主体对创新活动进行技术、人力、知识、资金等方面的资源投入，并承担创新过程中及自身研发的相应风险，因此也享有对创新活动产生的利润、技术专利等各种形式的利益进行分配的权利。具体而言，对于各创新主体在进行创新利益分配时需要考虑其所投入的资源、承受的风险和对整个系统技术创新的贡献程度，基于此进行利益分配的方案设计。

2.供应链式的协同利益分配模式(www.daowen.com)

在这种模式下，创新主体间的利益分配是通过中间技术产品的价值来确定的。由于重大科技工程技术创新系统的中间产品多为高科技、高技术水平的创新产品，其价格水平除了与其需求量、质量要求等产品本身性能以及创新主体间的协同深度、协同意愿等因素有关，还与中间技术产品本身的技术含量多少正相关。因此，各协同合作方需要综合考虑设计中间技术产品的价格，使协同各创新主体能够通过中间产品调节系统的利益分配。

3.基于技术转让的协同利益分配模式

在系统创新过程中，还存在创新主体间以技术开发、技术转让的形式转移技术创新成果来实现创新利益分配的模式。在这种模式下，创新主体间通过技术转让价格来调节双方的利益分配关系。技术承接方可一次性支付技术转让费用给技术研制方，也可以通过提成的方式支付技术转让利益。

建立公平、公正、合理的利益分配机制是促进重大科技工程技术创新系统组织协同的内在驱动力，需要综合考虑各创新主体的承担风险程度、内心合作期望、实际资源投入程度、现实努力程度等因素，根据各创新主体内在需求和收益形成方式，采用多元化方式对有形收益和无形收益进行合理分配，充分调动协同参与各方的共享积极性。在实际的重大科技工程技术创新系统组织协同过程中，各创新主体一般会根据具体的合作模式，采用适当的利益分配机制。创新主体间的利益分配模式可以是上述三种模式之一，也可以将上述三种模式结合起来。

重大科技工程技术创新系统的创新主体在资源整合机制、管理协调机制、知识共享机制、利益分配机制和激励约束机制的相互作用下进行组织协同，这五个机制之间彼此协调发挥作用，良好配合，共同使创新系统向更加协同有序的方向发展。此外，制度保障、经费保障、人员保障、组织结构保障等，也都是系统进行组织协同时要考虑的重要因素。