重大科技工程技术创新系统将具有不同目标、不同诉求的创新主体集中在一起，要使众多异质性创新主体达到系统目标统一、协调一致，需要行之有效的激励约束机制。激励约束机制是一种调节机制，通过激励约束可以有效保持系统组织协同的顺利进行[94]。

交易成本理论认为，参与者的机会主义是导致系统运行过程当中的效率低下和产生冲突的根源。同时，在网络系统环境中，由于组织本身能力的差异、契约的不完全性以及工作流程整合，协同活动也呈现动态变化的特点。一些学者在这方面进行了不懈的努力，取得了重要的进展[95-97]，大部分的研究是通过建立博弈模型，将风险、收益分配等因素加以考虑，并选择满足代理人参与约束和激励相容约束的激励契约分析各自的最大化期望效用函数。由于重大科技工程技术创新系统具有较高程度的模糊性和不确定性，因此对系统组织协同激励约束机制的研究变得更加复杂。

重大科技工程技术创新系统是由不同利益主体构成的多组织合作系统，每个创新主体都是在考虑自身效益最大化的基础上接受协同合作，并在合作过程中努力在自己的决策权范围内寻求自身利益的最大化。因此，自身利益最大化是创新主体的首要目的，系统最优的结果并不是所有创新主体最关心的。若要在各创新主体间达成合作，即使达到了系统最优的态势，也必然要求将总合作收益进行适当的公平合理的再分配。当创新主体认为自身利益受到损害时，这个创新主体参与组织协同的积极性可能会减低。而其他创新主体为了保持系统组织协同的稳定性，会想办法改善既定的利益分配格局，以求继续获取组织协同效应所带来的好处。这时，就产生了对创新主体参与组织协同的激励约束行为。根据马斯洛需要层次理论，重大科技工程技术创新系统组织协同的激励约束机制具体内容可，概括为以下两个方面：(www.daowen.com)

（1）从低层次需求看，创新主体参与组织协同的目的首先是要满足自身的低级需求，如得到必要的生存发展资金，获取持续竞争力以避免破产危险等。为此，可以在进行组织协同之前就设计明确合理的创新利益分配方案，明确各种产权所属制度等激励措施，保证参与系统组织协同的创新主体能够通过组织协同获取应得的经济利益和技术优势，满足其低层次的需求，进而达到激励其参与组织协同，共同进行系统的技术创新活动的目的。为避免创新主体参与组织协同的机会主义做法，还需要设计相应的约束制度与惩罚措施以规范创新主体的组织协同行为，使其朝着技术创新系统演进的统一目标发展。

（2）从高层次需求看，创新主体在其生存发展过程中还需要与同行业其他组织间建立良好的协作关系，或者发展成为行业领先企业，或者为社会进步不断创造各种产品、技术，推动社会主义社会的建设进程。为此，结合重大科技工程技术创新系统实施的实际情况，可通过为创新主体提供各种发展机会、平台来促进创新主体间建立良好的联盟合作关系，扶持创新主体不断完善自己的核心技术以保持技术优势和行业竞争力，进而激发其参与系统组织协同的内在动力。此外，还可以通过宣传、推广创新主体参与重大科技工程技术创新活动的重要性，设计相应的高层次奖励制度，以提高创新主体在行业内甚至整个国家、社会上的地位，来满足创新主体的高层次需求。