不同创新主体在组织协同过程中都有其各自的利益驱使，进行创新活动的动机和目的不尽相同，在系统创新组织协同过程中，出于利益和安全的需要，加之在组织目标和组织文化等方面存在差异，使创新主体间在协同各个阶段都有可能发生冲突，存在大量互相影响、互相交叉和互相协作的问题，如各种资源分配不均、某些创新环节的进度拖后等。有些冲突是建设性的，有利于系统组织进一步协同；而对于那些阻碍甚至可能破坏组织协同的冲突行为，还需要系统设计冲突的协调机制，需要创新主体间进行深度的管理沟通、协调，以应对潜在的冲突并避免冲突的产生，提高组织协同的系统稳定性。重大科技工程技术创新系统组织协同的管理协调机制，如图6-6所示。

图6-6　重大科技工程技术创新系统组织协同的管理协调机制

建立重大科技工程技术创新系统组织协同的管理协调机制，就是在信息不对称的情况下，通过制定一系列的激励政策和措施，在满足各创新主体不同需求的同时，达到深入推进创新主体协同配合、提高系统创新能力的目的。因此，首先要促进各创新主体间的管理协调。在系统中，政府部门作为系统主体之一，既是组织协同的参与者，又是组织协同的协调者。当不同创新主体间出现利益冲突或文化冲突时，政府部门作为主要协调者要及时进行冲突的协调，通过制定和完善各种制度、政策等手段，保证各创新主体的协同利益，以及系统组织协同的连续性和稳定性，最终实现各创新主体间的自我协同。各创新主体在协同过程中，要注意避免违背系统组织协同的各种政策，协调好自身利益与系统利益的关系，保证协同政策的一致性。(www.daowen.com)

其次，实现重大科技工程技术创新系统核心企业和参与企业的协调互动，从根本上消除可能制约技术创新的体制障碍和不合理的利益分配机制，理顺不同创新主体间的利益关系，最大限度地发挥各创新主体所具有的资源禀赋和技术优势，构筑创新主体间的良性协调机制。这不仅有利于促进技术知识在各创新主体间的自由流动，加强创新主体间的联系与合作，促进基础科学技术的研究，还能鼓励技术核心主体与一般参与企业间的技术共进，推进系统创新主体间实现人员共享、技术转移、信息流动等领域的全面协同。

最后，要健全重大科技工程技术创新系统组织协同的系统内部管理协调机制。重大科技工程技术创新系统的实施，无疑为系统各创新主体自身的发展提供了宝贵契机。各创新主体应根据重大科技工程技术创新系统的实际要求明确自己的职责和未来的发展方向，因地制宜地制定适合重大科技工程技术创新系统发展要求、促进系统演进的技术创新发展战略。如创新核心企业对系统核心技术的研制，要优化技术结构，加快创新进程，建立合理的技术创新发展步骤，充分发挥核心企业的技术溢出效应，以点带面推动整个重大科技工程技术创新系统的技术进步。而一般水平的参与企业也要根据自身发展需要，制定有针对性的技术创新战略，以加快整个系统创新发展的进程，提高整个系统的创新能力，促进各创新主体间的协同发展。