在重大科技工程技术创新系统组织协同的过程中，由于整个创新系统复杂，系统中的知识、人才、技术、信息、物质等资源在各创新主体中的分配极其不均，且各创新主体间对这些资源的掌握信息是不对称的。在信息不完全、不充分的条件下，想通过市场机制实现资源利用效率的帕累托最优是很难的。这一方面既促进了各创新主体采取组织协同的行为来实现各种资源的最佳整合状态，另一方面，各种资源的系统整合反过来也能够促进各创新主体间的组织协同。要提高系统的资源配置效率，就必须通过机制设计把彼此相关但分离的资源要素进行重新整合，在系统技术创新发展演进过程中最大限度地实现创新要素的充分整合利用，实现创新资源利用效率的最优化，以提高创新系统组织协同的效率。重大科技工程技术创新系统组织协同的资源整合机制示意，如图6-4所示。

图6-4　重大科技工程技术创新系统组织协同的资源整合机制示意

在各种需要整合的资源中，首先需要整合的是政策资源。即对与重大科技工程技术创新系统组织协同相关的各类内部、外部环境政策，包括现有财政、金融、技术等政策和相关法规制度等进行系统设计、整合，以形成新的组织协同结构的政策支持体系，引导、规范创新主体的协同行为，进而增强创新系统自组织演化能力。(www.daowen.com)

其次是资金的整合运用。一般来说，重大科技工程技术创新活动充满了不确定性，其创新系统演进需要大量的资金支持和保障，为发挥资金的最佳作用，避免在组织协同过程中对专项资金的浪费，需要在此过程中加强对系统创新资金的监管和整合运用。即需要对现有资金管理制度进行创新，设立专门管理机构有效统筹、协调、配置、监督重大科技工程技术创新系统资金的使用，建立资金分配科学化、管理权责一体化、运行机制制度化、监督评估法治化的资金管理综合体系，必要时还要对资金进行有效调整，以提高系统研发资金的使用效率。

最后是对技术资源要素的整合。重大科技工程技术创新系统中的各创新主体在组织协同初始阶段已分别拥有一定数量的技术资源，如何利用有限的技术资源最大化完成技术创新活动，是系统各创新主体在组织协同过程中要考虑的主要问题。可通过政府、创新核心企业等一定的行政手段或市场方式对各创新主体掌握的技术资源进行整理、分类、合并、重组和再开发利用，力争使技术资源在二次利用中能够满足重大科技工程技术创新的需要。各创新主体的技术资源，包括人才这一特殊技术资源都非常丰富，在组织协同过程中可通过加强体制创新，优化各种资源配置和人才激励机制，为技术资源的合理流动和有效整合搭建平台，创造条件。