在重大科技工程技术创新系统组织协同过程中，众多创新主体往往会因为利益分配不合理等原因导致协同合作中断，轻者表现为怠工、拖延进度，重者则可能采取终止合作的态度。因此，组织协同保障机制的设计对重大科技工程技术创新系统创新主体间协同合作的顺利进行具有十分重要的作用。组织协同的保障机制是重大科技工程技术创新系统组织协同的有效保障，能够让系统创新主体在信息不完全及决策分散化的条件下进行自由选择，产生自我约束，共同遵守系统组织协同的规则，以达到系统最佳的协同创新效果。

综上所述，重大科技工程技术创新系统的组织协同机制是指在系统组织协同过程中，对组织协同的内外规律和本质进行提炼总结，使系统具有对创新主体进行组织协调的自组织能力，使系统的各子系统、各创新主体能按某种规则形成一定的协同有序的结构和功能，并能自动地进行自组织和协调，以形成的对组织协同运行具有实践指导意义的制度化的方法。具体来讲，是指创新核心企业、参与企业与高校、科研院所、政府部门等系统创新主体间进行组织协同技术合作时所要遵循的制度和规则。在组织协同过程中，创新核心企业应充分利用高校、科研院所的研究优势，与高校、科研院所共建协同创新研究中心，发挥各自优势，以利益驱动和风险约束有机结合形成组织协同的凝聚力，实现真正意义上的组织协同。同时，政府部门在合作机制中扮演着重要角色，通过提供政策、技术、信息、环境等方面的支持，甚至直接参与企业、高校等的技术研发工作等形式参与系统的组织协同，引导与鼓励创新企业进行技术创新，但在组织协同过程中绝不能取代创新企业作为协同的主体。

本节从目标、动力和保障三个角度分析、构建重大科技工程技术创新系统组织协同运行机制，如图6-3所示。其中，系统组织协同的目标机制和动力机制前文已进行分析。保障机制一般是指为系统组织协同的管理活动提供物质和精神条件的机制。本文将重大科技工程技术创新系统组织协同的保障机制定义为：在系统演进过程中，为保障创新主体预期的组织协同行为而需要提供的各种要素的相互联系、相互作用的机制和制度。从保障层面来看，创新核心企业在系统的组织协同博弈过程中处于信息劣势。因此，必须通过设计有效的保障机制，如资源整合、知识共享、冲突协调、利益分配等来保证并激发其他创新主体的创新热情，并通过制度设计使之持续下去。(www.daowen.com)

图6-3　重大科技工程技术创新系统组织协同运行机制

本节主要从以下几个方面对重大科技工程技术创新系统组织协同的保障机制进行构建。