在重大科技工程技术创新系统创新活动中，系统组织协同的主要目标就是基于组织协同的形成过程，通过各种动力、保障、引导机制和手段，促进创新主体间进行有序的协同，进而实现系统的创新目标。从目标引导层面来看，如何树立统一的创新目标以及营造具有重大科技工程技术创新系统特色的创新文化氛围是必不可少的内容。

在一个系统中，系统目标代表着这个系统的发展方向和未来，任何一个复杂系统都是为一定的目标而组织起来的。系统目标是系统的最重要条件，是系统争取达到的一种未来状态，是开展各项组织活动的动力和依据。对重大科技工程技术创新系统而言，其目标就是实现新技术、新产品、新市场，最终获取各种利益，系统的组织协同行为应以系统目标为导向。对于系统的各创新主体而言，面对复杂的重大科技工程技术创新，即便是技术力量雄厚的创新核心企业也难以凭自身力量独立完成；同时，在复杂技术创新过程中还存在着大量的不确定性风险。为完成技术创新的最终目标，众多创新主体会以优势互补、共同发展为目标，通过采取一系列组织协同的行为或方式，以达到资源配置的最优状态，共同进行技术创新，以规避风险，降低创新成本，提高研发能力，保持技术优势。由上述分析可以看出，重大科技工程技术创新系统的目标是系统组织协同形成的决定性因素。因此，重大科技工程技术创新系统组织协同必须拥有目标协调机制使各协同主体时刻保持与系统演进相一致的组织目标，确保各创新主体在一致的系统目标引领下开展组织协同，共同创新，并在此过程中实现创新主体的个体目标。(www.daowen.com)