重大科技工程技术创新系统组织协同就是系统进行自组织演化，从无序状态走向有序状态，从低级有序走向高级有序的过程。在这一过程中，创新参与主体之间以及各子系统之间的非线性相互作用，以及子系统之间微观状态的涨落等是系统组织协同形成的主要因素。

1.创新主体间的非线性相互作用是系统组织协同的根本动力

重大科技工程技术创新系统在系统初始阶段，各创新主体、各子系统都处于某种稳定的无序状态，整个创新系统充分开放并远离平衡态。此时，系统中创新参与主体间的协调与合作非常薄弱，各子系统独立运动较强，创新主体或子系统的独立运动在系统演进过程中占据主要地位。为了应对复杂的技术创新，迎合技术的需求并满足自身发展的需要，随着系统创新进程的推进，系统中各创新主体开始加强协调与合作以合理配置系统中的各种资源。同时，系统不断与外部环境发生物质、能量的交换，系统的创新主体及各子系统的状态发生变化，创新主体间加强协调与合作，子系统间的关联运动加强，最后超过独立运动而占据主导地位。子系统间关联的非线性相互作用主要表现为创新主体间的协调与合作，这种非线性相互作用开始影响整个技术创新系统的演进，使系统中始终存在着各种各样的涨落。同时，由于创新系统中客观存在着创新主体间的信息不对称、资源不平衡、创新力量不均匀、组织结构不一致等内部因素以及受到外部环境变化等外因的影响，系统中各创新主体间这种协调合作的非线性相互作用往往会产生协同收益，并影响未参与组织协同的其他创新主体的行为。

总之，重大科技工程技术创新系统中各创新主体间的这种协同表现出显著的非线性。当创新主体间的协调与合作在系统中占据主导地位时，系统中的技术、外部市场需求等因素的变化，会通过创新主体间的协调与合作放大其对整个系统的影响，进而使创新系统失去现有的稳定结构，破坏原有的系统平衡，并在资源分配、信息流动等因素影响下，整个创新系统会确定以一个核心创新主体为主导的宏观系统组织结构。从系统宏观层面看，非线性相互作用一直贯穿于系统演进过程中，并推动系统按照“无序—有序—新的有序”的逻辑关系循环发展。因此，非线性相互作用是重大科技工程技术创新系统自组织演化的根本依据。

2.系统的内部涨落是系统组织协同的诱因

一般来讲，系统是由大量的相互作用的子系统构成的一个复杂体系，总是不断地受到来自系统内外部环境变化的干扰，使系统在某个时刻、某个局部范围内产生对宏观状态的微小偏离，这种微小偏离就称为涨落[90]。由于系统内外部因素的作用，涨落是必然存在的。系统的涨落是随机的，是系统演化的契机，是系统自组织形成组织协同的诱因。

重大科技工程技术创新系统的涨落可以分为两种：一种是由于系统内部因素变化所产生的系统内部涨落，如由于系统创新主体的知识型员工、资金、技术水平等因素变化引起的系统涨落；另一种是由于系统外部环境因素变化而产生的系统外部涨落。系统的外部涨落是由系统外部环境变化产生的，如国家宏观政策变化、全球经济发展变化、技术市场需求变化、自然灾害等，由于外部环境变化具有随机性和不可控性，且对系统作用的渠道很多，因此，本书研究重大科技工程技术创新系统组织协同机制时假定外部环境变化是相对稳定的，即不考虑外部涨落对系统的影响。

不管哪种涨落，都可能通过系统创新主体间的非线性相互作用而迅速放大、传递，进而形成系统客观上的“巨涨落”。因此，系统涨落对整个创新系统的自组织演化过程有着极其重要的作用。首先，涨落普遍存在于重大科技工程技术创新系统中，即便系统处于相对稳定状态，也存在着不同程度的涨落。如果没有涨落，系统稳定状态就不会被破坏，系统就不可能通过自组织达到新的稳定状态。正是由于系统涨落的存在，才使偏离系统现有状态的其他主体发现可以达到更加有序的状态，进而采取组织协同行为。而后，当这些涨落得到其他全部创新主体的响应并在整个系统内放大后，涨落便推动了整个创新系统进入一个全新的稳定有序状态。因此，涨落是重大科技工程技术创新系统逐渐走向协同有序的诱因。其次，涨落还影响着创新系统自组织演化的方向。创新系统在自组织演化中的某一时刻，往往存在多种演化的可能，在自组织过程中，创新主体间的非线性相互作用只是推动创新系统的自组织演化过程，但无法确定系统自组织将进行何种演化。这是由于创新系统处于动态演变过程中，不可避免地会受到涨落的随机性的影响，系统的每个涨落都代表着系统未来可能的演化方向。涨落的出现虽然是偶然的，但只有适应系统动力学性质的涨落才能得到创新系统中多数创新主体的响应，而且这种响应会扩大到整个创新系统中并把系统推进到一种新的结构状态。因此，创新系统究竟选择怎样的自组织演进方向以形成有效组织协同是由系统的“涨落”决定的。(www.daowen.com)

3.系统序参量促进系统的自组织演化

系统从无序状态转变为有序状态或从有序状态退化成无序状态的这种动态过程称为系统的相变，而决定系统相变的关键因素就是序参量[91]。在哈肯的协同理论中，序参量是由于系统的涨落诱发的，并在系统非线性相互作用下放大涨落促使形成的，其变化表示系统从无序到有序的变化，其实质是子系统非线性相互作用形成的各种运动模式。一般来讲，系统外界环境只要发生很小的变化就有可能产生全新的序参量或全新的序参量系统，当系统的动态变化达到一个临界点时，序参量也会增长到最大。系统有时不仅会存在一个序参量，而且会存在许多序参量的协同。哈肯认为在一定的时间段内，某个特定的序参量会支配其他序参量起到主要作用，其他序参量只是配合这个主序参量，在主序参量的规定下运动。但如果环境条件发生变化，以前的主序参量可能会失去其主导地位而被其他序参量取代。这种序参量主导地位的转变是随机的、混沌的，完全没有规律。

在重大科技工程技术创新系统中，各创新主体间总是存在各种各样的独立运动，但为了实现整个系统的创新目标，各创新主体会采取协同合作以完成最终的创新任务。当创新主体间的独立运动与其间的协同合作处于均衡状态，随机出现的系统涨落给各创新主体带来更多收益时，这种涨落便会得到多数创新主体的响应，由此被迅速放大到整个系统，进而打破系统原有协同的平衡状态，使系统向更加有序的协同合作状态演进。这种系统涨落的内容，在系统状态变化过程中受到的阻力小，衰减慢，即为系统的序参量。因此，序参量在重大科技工程技术创新系统自组织演化过程中起着非常重要的作用，其主要是通过影响创新主体的行为来控制创新系统的整体自组织演化进程[92]。

一般来说，不同的技术创新系统，影响其协同运行的因素并不是完全相同的。重大科技工程技术创新系统的组织模式、技术结构、知识共享、利益分配等会对技术创新系统协同运行产生非常关键的影响，它们构成了重大科技工程技术创新系统的序参量。这些序参量的变化会直接导致系统组织协同的非平衡状态，当其达到阈值后，系统会处于不稳定状态，序参量的微小涨落就会促使系统产生整体上的巨涨落，使系统完成跨越式跳跃，从而导致新的、有序的组织协同状态。

4.系统的自组织演化实现系统的组织协同

协同理论认为，系统协同是由于系统自组织演化使子系统达到有序后实现的。系统的自组织演化过程，就是系统实现有序和达到稳定的过程。在重大科技工程技术创新系统演化过程中，系统各序参量贯穿创新系统的始终，对系统实现组织协同起到不可替代的支配作用。在序参量的支配作用下，系统各创新主体进行自组织演化并逐步走向有序协同。在这一过程中，作为创新主体的企业相互协同合作并产生相互非线性作用，与系统涨落及放大效应一起产生新的系统序参量，而序参量在产生后又反过来支配并作用于各创新主体，使其进一步相互作用，如此循环往复，使创新系统处于不断的自组织演化过程，系统的各子系统逐渐达到有序，最终实现了整个创新系统的组织协同。

综上所述，重大科技工程技术创新系统组织协同实现机制是在系统中各创新主体间协调与合作的非线性相互作用下，通过系统涨落及其关联放大效应促使系统序参量的形成，反过来再由序参量支配创新主体间的各子系统的运作达到有序，同时保持各子系统间的相互匹配关系，经过多次循环往复的自组织过程而达到系统整体协同程度的跃升，进而使整个系统的组织协同实现从无序到有序、从低级有序向高级有序的演化。