根据协同学的相关理论，协同系统内各子系统之间存在协同运动，这种协同运动往往会导致协同系统在宏观上形成不同的组织结构。随着社会、经济及科学技术的不断发展，技术创新的生命周期也呈现越来越短的趋势，面对外部技术需求日趋多样化及个性化，传统的重大科技工程技术创新系统组织模式已发生了一定的变化，为完成重大科技工程技术创新系统的创新目标，不同创新主体之间要进行频繁的系统协同。因此，研究重大科技工程技术创新系统的组织协同，探讨新形势下重大科技工程技术创新系统的组织协同机制，在理论和实践层面对促进重大科技工程技术创新系统组织协同发展具有重大意义。

哈肯把协同定义为系统各部分之间相互协作使整个系统形成微观个体层次所不具备的新的结构和特质。而所谓协同，也就是系统进行自组织演化从无序状态走向有序状态或从低级有序走向高级有序的过程。在耗散结构理论中，并不是所有的系统都可以自组织演化，只有远离平衡的开放系统，当系统与外界的能量和物质交换达到某种临界值时，系统才会通过自组织使各子系统协同作用，从而使系统演化为具有一定有序程度的耗散结构[87-89]。

重大科技工程技术创新系统是由创新核心企业、政府、高校、科研院所、创新参与企业等各个独立的主体组织组成的复杂网络系统。系统受行业技术、市场需求、资源供给等外界环境变化的影响，并不停与外部环境发生资源、技术、信息和知识交换。同时，系统内部各主体间资源分布和技术发展等方面存在不平衡，系统组建、运行等都与系统内部控制变量达到临界值有关。因此，我们可以认为重大科技工程技术创新系统是一个远离平衡态的开放系统，这一系统具备自组织的特征，满足自组织的条件，系统能够进行自组织演化达到组织协同。(www.daowen.com)

本节在充分考虑系统创新主体在整个系统自组织演化过程中发挥行为主体作用的基础上，从创新主体子系统的角度对整个系统自组织过程进行研究，分析系统自组织的状态和结果，揭示系统自组织演化实现组织协同的运行机制。