重大科技工程技术创新系统的演进是一个综合性的跨组织的过程，在创新系统演进过程中面临的复杂技术创新问题需要各创新主体迅速地做出相互依赖、相互关联的连锁反应，创新主体的异质性、多元性和创新任务的复杂性必然要求创新任务的分解到位和有效的组织协同。为了有效协同管理，系统需要建立专门的总体组织机构组织技术创新系统的运行，对各创新主体进行系统的协同管理，在保证多层次分目标实现的基础上促进整体技术创新系统目标的实现。

重大科技工程技术创新系统组织协同的运行结构以核心企业为主体，在政府部门的主导下，在组织协同演进的不同阶段通过与高校、科研院所、参与企业等其他创新主体的协同配合，形成宏观网络运行结构，如图5-2所示。

图5-2　系统组织协同的宏观网络运行结构(www.daowen.com)

整个系统的组织协同围绕核心企业形成复杂的组织协同运行网络。在系统演进的不同阶段，系统具有不同状态的组织协同，其协同主体在核心企业、参与企业、高校、科研院所等创新主体间轮换。同时，参与企业、高校、科研院所之间也具有不同程度的协同。系统的各协同主体在系统内部协同文化氛围包围下，在系统外部协同环境的约束与支持下，逐步调整组织协同的状态，最终经由局部最佳协同达到系统整体最佳协同的效果。在微观层面，各创新主体的不同机构、不同职能部门之间还会为完成某种特定目标而进行跨组织的协同行为，进而形成组织协同的微循环结构。