文化差异因素是指在技术创新过程中因不同的组织文化背景、看问题的不同角度、解决问题的不同思路和方式方法而形成的冲突或不一致。在重大科技工程技术创新活动中，文化差异是指对创新主体采取组织协同行为进行合作的价值的认同，以及对组织协同合作的技术性、组织性、制度性手段的理解和掌握的差异。文化差异是由于专业分工和体制分化而产生的组织之间的不同质现象，主要表现在：①组织目标差异；②目标利益导向差异；③行为方式差异；④组织结构差异；⑤研发投入差异；⑥技术差异；⑦研究取向差异等。

文化差异还表现为在不同领域之间进行技术交流时对技术的认识和理解问题。人际、组织之间进行协同交流时，涉及许多微妙、特殊、复杂、敏感的隐性经验，任何一个专业都包含着只能在实际运用过程中才能领悟的技能形态的隐性知识，这需要在实践中加以体会和领悟。因此，创新主体进行组织协同行为时需要理解和认识不同领域的组织行为、专业技能，以便消除因此而产生的文化差异所导致的创新系统组织协同障碍。(www.daowen.com)

由于各创新主体具有不同的文化背景，因而无法对其实施单一的文化管理。因此在各创新主体协同过程中，会自觉或不自觉地产生习惯性的防卫心理与行为，在一定程度上形成心理冲突或行为冲突。冲突的程度越大，越影响系统组织协同的稳定性，各协同创新主体也就越容易采取导致变动性增加和影响系统整体利润的行为，进而影响系统的组织协同。