重大科技工程技术创新系统的组织结构对系统组织协同有重要的影响。创新主体组织对自身责任的不清楚、主体间的利益不合理分配以及组织间协同流程不够简明，这些现象都与系统的组织结构缺陷存在内在联系。组织结构缺陷会导致机构重叠、职责模糊、政出多门以及利益分配不均等，进而直接影响系统组织协同的效果。只有建立健全系统组织结构，各组织在明确了各自的责权利关系、找到共同的利益支撑点后，在共同的利益驱动下才愿意采取主动措施进行协同工作。因此，创新主体的组织结构是造成组织协同障碍的重要原因之一。

1.组织距离

重大科技工程技术创新系统中进行组织协同的各创新主体间的距离对组织协同有影响。这种距离包括各创新主体间的时空距离、管理距离、信息距离等。虽然当前网络信息技术的普遍使用已缩短了各创新主体间的物理距离，但也难以完全弥补由于空间上的分散分布而产生的协调的不便。同时，组织间的管理距离、信息距离也都在一定程度上影响着组织间的协同。管理距离越长，组织间协同所进行的信息传递距离也随之增大，信息传递失真的可能性就会增大，组织间协同就可能因为得不到准确的信息而使协同效率降低。

2.能力差异

创新主体间的能力差异从资源论的观点看主要表现在三个方面：核心能力、吸收能力和技术创新能力。核心能力关注企业内部的技术能力，是一种以企业内部资源为基础的能力。核心能力更多是一种聚焦能力，关注某种知识技能，强调组织竞争优势，核心能力的价值性、异质性、难以替代性和难以模仿性，成为企业建立竞争优势的根本。核心能力的差异是组织间合作的根本差异。吸收能力则更加关注企业之间的合作关系与合作情景，侧重于容纳能力，强调包容外部知识、利用外部知识，是一种边缘性能力和情景嵌入性能力，是存在于合作关系中的跨组织能力。吸收能力有利于系统构建组织间的合作能力，从而提高组织间学习与合作的效果以及组织间关系的质量。吸收能力的差异是组织向外扩展以获取更多知识资源的不同表现。技术创新能力是指企业依靠新技术的运用推动企业发展的能力，也就是通过引入或开发新技术，制造新产品，使企业满足或创造市场需求，取得更大的经济效益，从而增强企业竞争的能力[70]。创新能力越强的企业，其在系统创新活动中就会表现出不可替代的作用，在进行组织协同过程中也会有更多的主动权和协同意识。而企业缺乏创新能力，产品的技术水平较低，则会导致协同合作中信息交互的困难。(www.daowen.com)

3.目标差异

重大科技工程技术创新系统的实施涉及的主体组织出于各自的创新目的，追求不同的利益，各自的管理目标也不尽相同。政府部门的目标是如何以最少的投资取得最有效的、满足功能要求的系统使用价值；核心企业、参与企业和高校、科研院所等追求的目标是如何在保证重大科技工程技术创新活动顺利开展的条件下取得最大利益；不同创新主体或组织在系统目标和利益之间的差异，使创新主体间的协同合作阻力重重。这其中，各创新主体的目标差异也深刻影响着创新主体参与创新协同管理的意愿。

4.投入差异和利益分配差异

不同创新主体的技术水平及专业化差异，影响着组织参与创新活动时的资源投入。具有较高技术水平的核心企业，往往在技术创新过程中投入更多的设备、资金等生产资源；在科研方面具有专业化优势的高校、科研院所等主体往往会投入大量的人力、技术等创新资源。一方面，由于不同资源间的不可对比性，这种不同资源的投入往往会造成技术创新主体对创新利益分配的差异，进而导致创新主体在创新协同过程中具有不同程度的协同意愿，较高程度的协同意愿会促使创新主体主动采取协同行为，而较低程度的协同意愿则会影响或阻碍创新主体的协同行为。另一方面，重大科技工程技术创新系统中的各创新主体相对来讲都是独立的经济实体，都有自己的个体目标，而且在利益的追求上是以自身利益最大化为前提的，而这种企业各自利益的最大化往往又具有排它性，即当某一创新主体得到比较满意的利益时，与其协同合作的其他创新主体通常会受到利益损失，从而形成利益冲突。