重大科技工程技术创新系统自身的一些特性，也会对创新主体是否采取协同行为产生一定的影响。

每个重大科技工程技术创新项目，其特性都是不同的，对组织间协同关系的形成与稳定的影响较大。重大科技工程技术创新系统的特性包括项目的复杂性、新颖性、技术水平和迫切性等。复杂性是指项目本身的技术结构复杂程度，前文对此已有论述。重大科技工程技术创新系统分为系统级、子系统级、模块级等，每级的数量越多，系统组织结构越复杂，管理文件、程序和准则的数量越多，组织协同关系越复杂，组织间的沟通和协调就越困难。新颖性是指项目的创新程度，如果对市场来说是全新的，新颖程度就很高；如果市场中已有部分技术存在，则新颖程度低。研发项目的新颖性对组织协同管理需求有较大影响，如航天科技研发项目很少重复，几乎是独一无二的任务需求，因此，需要在项目实施前期就对其明确化和细化。否则，组织间的协同关系就会表现出模糊性和不稳定性，所带来的资源、成本的消耗是巨大的。技术水平是指创新组织在创新过程中使用的技术的水平，如果在创新过程中采用的是现有成熟技术，则技术水平较低；相反，如果创新行为就是为了研发目前还没有的技术，则说明技术水平较高。创新项目的技术水平高意味着创新活动具有的不确定性大，研发难度大，创新主体间就越需要进行组织协同以应对所要面对的系统高研发风险。(www.daowen.com)