任何系统都不是孤立存在和发展的，重大科技工程技术创新系统运行也无法脱离外部宏观环境，系统外部环境是影响重大科技工程技术创新系统组织协同的主要外部客观因素。

1.市场环境

重大科技工程技术创新行为常常与外部市场需求的规模有关。如果市场需求的规模不大，则创新主体更多体现为独立研发行为；而如果市场需求规模庞大，创新主体则会表现出如技术联盟形式的合作创新行为。除此之外，市场竞争程度也是影响重大科技工程技术创新系统组织协同的关键环境因素之一。在竞争比较激烈的市场环境中，创新主体为减少自身研发活动的溢出效应，通常会选择整合度比较高的组织模式以加强控制，进而与其他组织进行协同的意愿较低。而在竞争程度比较低的创新环境下，创新主体为减少研发风险，通常会采取与其他组织合作研发创新的行为。因此，外部市场需求规模、市场竞争程度等因素对重大科技工程技术创新主体是否采取协同合作创新有一定的影响。

2.政府环境

企业是创新活动的主体，虽然政府不可能代替市场去直接地组织创建研发项目系统，但企业创新行为离不开政府的主导作用。傅家骥[69]曾分析说明了政府在促进组织间协同合作创新方面可以发挥的作用，如政策支持、平台支持、资源支持、孵化创业环境、创新目标引导等。根据政府发挥的作用和控制力，可分为政府主导企业参与合作创新体制、政府诱导企业自主合作体制、政府倡导企业自由合作体制三种类型。重大科技工程技术创新往往是“官、产、学、研”一体化的综合，政府的作用具体表现在：

（1）在重大科技工程技术创新系统形成过程中，充分发挥其主导作用，完善专业分工，寻求高校、科研院所与企业的利益和能力的最佳结合点，进而促进重大科技工程技术创新组织间协同关系的形成；

（2）通过制定并建立人才引进和人才流动机制，为创新研发和知识流动创造客观条件；

（3）通过制定一系列的税收、金融等优惠政策措施，构造有效持久的协同创新激励环境；(www.daowen.com)

（4）完善市场环境，配套基础设施，并将创新研发活动的风险社会化，为重大科技工程技术创新活动创造有利的市场氛围；

（5）形成有利于创新主体协同合作、相互补充、相互发展的企业协同机制，提高研发效率；

（6）向社会宣传重大科技工程技术创新的重要意义，加强企业协同合作意识，同时建立中介机构，为创新企业提供咨询服务。从上述分析可以得出，在重大科技工程技术创新过程中，政府的主导作用通过制定各种政策（如国家创新平台建设、财政补贴、税收优惠、政府采购、创新人才引进与培养等）得以体现和实施，其主导作用在一定程度上对系统的组织协同行为产生着不可忽视的影响。

3.制度环境

重大科技工程技术创新的制度环境是指在市场机制的作用下形成的利益共享、资源交换、竞争与合作共存的宏观环境。制度通常以具有法律效力的文件形式存在，其中最重要的是产权制度。产权制度的发展为各种创新要素实现良好的合作配置提供了划分利益和责任的依据，各种创新要素包括人力资源、生产性资源、技术资源、市场资源及已有创新成果等，在重大科技工程技术创新过程中的价值都可以通过产权来确认，以此为依据可以建立各种契约型的协同合作关系。产权为创新组织间的协同合作提供了联结媒介，而产权市场的制度安排，又为这种联结提供了规范性、约束性的框架，这种框架又为建立重大科技工程技术创新系统长期协同合作关系提供了基本的制度保障。

此外，国家专利制度、商业秘密以及专业技术保护等有关法律是构成技术创新体制的核心内容。重大科技工程技术创新主体是否采取协同行为取决于创新体制的不同效应。一般来讲，宽松的创新体制会促使企业技术溢出效应的增加，鼓励企业进行相互合作。同时，企业为吸收知识溢出，通常还会增加内部研发投入来增强技术吸收能力。此外，创新体制的强化可以有效促进通过技术创新方式来获取创新知识，因为创新企业在强有力的法律制度保护下，不用过分担心自己技术和知识的溢出而产生的研发风险，所以更加有利于不同创新主体采取组织协同的形式获取新知识。

除了市场环境、政府环境、制度环境，重大科技工程技术创新活动还受到不同的经济、社会、政治、文化和地理位置等外部环境因素的影响。重大科技工程技术创新系统组织协同管理是在一个稳定的组织结构下进行的，要维持组织间的协同关系，就要保证使系统稳定运行的外部环境的稳定。