微观层面的组织协同是重大科技工程技术创新系统组织协同的具体问题，所谓微观层面的协同，就是系统内各创新主体在系统组织协同宏观理念指导下，彼此相互信任，相互协作配合，使创新任务和活动在系统内各创新主体间统一协调，达到资源优化配置的目的，并共同解决在系统协同创新过程中产生的利益分配、组织文化、资源投入等冲突问题以及资金、技术等其他方面的决策问题，以实现系统组织协同的最佳效果。在组织协同的微观合作层面，由于系统的核心企业往往是重大科技工程技术创新系统的主持单位，因此，系统核心企业通常是系统组织协同的主导者，组织协同的过程更多是由其牵头，组织高校、科研院所、参与企业等其他创新主体共同解决创新研发过程中的复杂问题。在组织协同过程中，除核心企业外的其他创新主体之间实际并无协同的动力，只是因为共同参与同一重大科技工程技术创新系统任务而要进行必要的协同。因此，核心企业需要主动推行协同管理的理念，承担相应的系统管理责任，这对系统微观层面的协同具有十分重要的影响。一般来说，系统微观合作层面的组织协同主要体现在创新主体的协同以及创新技术研发过程的协同方面。

前文有述，重大科技工程技术创新系统一般是由政府部门、核心企业、高校、科研院所以及其他一些技术创新支持机构构成的协同利益共同体。其中，核心企业作为技术创新活动的牵头组织，在系统整体上成为主体协同的主序参量，居于主导地位，对其他异质创新主体的协同起着主导作用，而其他参与创新的主体则处于协同地位。同时，政府虽然不是以协同主体的身份参与协同，但其地位和作用不可低估。如政府在对创新资源的配置、营造外部系统宏观环境以及直接组织重大科技工程项目等诸多方面都起着其他主体不可替代的导控作用。

此外，各创新主体的地位和作用也不是一成不变的，而是具有一定的相对性。在技术创新过程中的某个具体阶段或环节上，非核心企业创新主体也可能处于技术创新协同的主导地位。如在重大科技工程前期基础科学研究阶段的协同主体一般是高校、科研院所，在技术研发试验阶段的协同主体则可以是应用型的科研机构，而技术创新工程实施阶段的协同主体则多是核心企业或其他参与企业。所以，重大科技工程技术创新过程体现为一个复杂的多阶段网络系统，是各创新阶段协同主体与其他主体有序互动、相互依赖又相互影响，既有明确分工又密切协同合作的复杂演进过程。在系统技术创新过程中，创新网络不断进行分解、集成，形成以某一创新主体为核心的创新协同利益共同体。(www.daowen.com)

在技术研发层面，协同是指为满足技术创新的需求，根据外部环境条件和系统内部自身条件，将所有可调配的资源在系统范围内进行合理有效的整合与配置，进行创新活动以完成满足技术要求的新技术的全过程。在这一过程中，可以实施系统工程和并行工程，通过集成、并行和实行标准化的设计来处理创新任务，进而缩短创新周期。因此，在重大科技工程技术创新过程中，核心企业可以进行协同合作，把技术研发的某些局部任务交给其他创新主体，以减少自身的技术研发范围和压力，这样不但可以减轻自身研发任务，降低技术研发的难度，避免技术研发的重复性，而且可以加强和稳固与其他创新主体间的协同合作关系，促进整个技术产业全面、均衡发展。

重大科技工程技术创新系统组织协同过程还离不开信息的传递，借助信息技术的发展，通过协同信息技术的推广应用，可以为系统中各创新主体提供一个及时信息交互、知识共享、信息沟通的平台，进而帮助系统中各创新主体实现同步运作与信息协同，同时增强创新主体间的信息透明度，提高系统整体决策的快速性、有效性及准确性。协同信息平台能够为创新系统宏观、微观层面的组织协同提供有力的技术支持，是实现整个创新系统组织协同的基础和技术关键。