从系统外部看系统的组织协同，是站在顶层战略的层次和角度，从宏观管理层面对重大科技工程技术创新系统的组织协同思想进行明确和强化，形成组织协同的系统体系，并在持续的系统创新演进过程中不断改进组织协同策略和方法，解决组织协同过程中出现的各种复杂问题，达到促进组织协同进而提高系统创新能力的最终目的。简单来讲，宏观管理层面的协同就是系统内各创新主体在系统建设目标、发展方向以及系统资源配置等宏观管理方面，各创新主体所拥有的资源、技术、知识以及核心能力等在系统中统一进行交流、配置和共享，从而实现系统整体创新效能的提升。宏观管理层面的协同有两个含义：一个是协同的效应，即通过系统的组织协同而取得较为满意的结果；另一个是通过系统中创新资源、技术、知识的整合，发现并取得协同效应而实现系统创新的过程。因此，宏观管理层面的组织协同的目的是，在宏观层面上使系统有限的资源、技术和知识发挥最大效用，为系统资源的合理有效配置提供宏观指导。在系统演进过程中宏观层面的组织协同主要体现在组织模式、资源配置、风险分担和利益分配等几个方面。

（1）面对重大科技工程技术创新系统，创新主体参与组织协同形成协同联盟，是应对复杂技术创新任务与变化多端的技术研发环境的一种战略上的反应。当创新主体在创新过程中出现技术匮乏等问题时，创新主体就会寻求协同合作，通过与其他创新主体协同配合来弥补自身技术、资金等资源的缺陷，以实现协同效应。创新主体参与协同后，会更加积极主动地参与和坚持协同管理，各创新主体拥有的各种资源，如人才、技术、知识、资金和管理水平等核心能力要素，都可以通过契约式的交流协作来实现整个系统的资源、技术的优势互补，创新主体组织间还可以在系统范围内建立长期的技术供需关系，来加强和促进组织间的协同合作关系。这种协同关系可以保证创新主体在急剧变化的技术研发环境中，以较低的投入迅速有效地获取各种研发资源，从而提高创新主体应对创新风险的能力。因此，重大科技工程技术创新系统的组织协同应该根据系统自身的复杂性特征，采取扁平化和有机式的组织模式，实行创新主体间的自我管理。

（2）系统创新研发成果跟技术资源投入是正相关的关系，技术自身的不确定性与技术环境中的不确定因素，会导致创新主体创新研发效果的不可预见性。当单个创新主体为了寻求技术突破而投入大量的资源但没有取得预期创新收益时，就会产生创新研发风险。面对复杂、庞大的重大科技工程技术需求，即便是核心企业也不可避免地面对创新研发风险，为使研发风险最小化，就要寻求与其他创新主体的协同，以增强系统的创新研发能力以及应对外部环境变化的能力，通过共同分担创新风险以降低风险对自身的影响。事实上，创新研发风险的分担要和利益分配联系起来，而创新主体的利益分配又跟资源投入的成本关系密切，因此，风险分担实际上是利益与成本之间相互博弈的结果。(www.daowen.com)

（3）重大科技工程技术创新系统要成功地进行组织协同，还必须有一个公平合理的利益分配方案。合理的协同利益分配方案会刺激创新主体采取协同行为以创造更多的创新价值，因此，利益分配机制设计的好坏是系统组织协同成功与否的关键影响因素。重大科技工程技术创新系统演进过程中的利益分配方案一般有以下三种模式：第一种是风险共担、利益共享的产出共享模式；第二种是分享固定利益，不需要承担太多风险的固定支付模式，此模式下创新的核心企业会承担大部分风险和主要的利益；第三种模式是前两种模式的混合，即各创新主体在能够获取固定收益的同时还承担一定程度的风险，并因此获取一定比例的风险收益。在系统组织协同过程中采取什么样的利益分配模式是由技术市场机会、技术创新任务难度、创新资源需求、各创新主体的规模和性质以及对风险持有的态度等因素共同决定的。