重大科技工程技术创新系统是一项复杂的系统工程，其组织协同的行为不仅包括各创新主体间的协调关系，还包括系统组织结构的选择和构建，以及系统创新文化等。通过组织协同，各创新主体在进行创新协同时具有明确的权责、协调的协同关系，整个系统具有和谐的创新文化氛围。根据重大科技工程技术创新系统的特性，以及相关学者[66-68]关于组织协同的研究成果，本书认为组织结构、系统目标、系统文化是系统组织协同的主要内容和任务。

1.组织结构协同

重大科技工程技术创新作为一项复杂的系统工程，需要基础理论研究和尖端技术攻关，涉及单位众多。各创新主体之间的协同合作呈现复杂的网络特征，如何设计、协调创新系统演进过程中的组织结构，是系统组织协同需要解决的主要任务。这具体包括系统的任务结构、决策结构、代理结构等。任务结构是系统各创新主体间的任务相互依赖结构，包括顺序、互惠和团队相互依赖。任务结构涉及工作流协调，主要关注活动、活动之间的关系以及各种资源的流动等。组织协同时涉及创新主体根据专业化分工，通过跨越组织边界的一组任务来实现其各自的和共同的目标，因此需要协调它们之间的工作流才能完成各自的任务。决策结构是指系统在进行某个创新关键点决策时所面临的组织结构问题，包括决策者、所面临的决策问题、所做出的决策、各个决策者应遵循的决策规则与程序等。决策结构方面的协调明确了参与方的角色及其对组织间关系的权威，它影响完成任务所需资源的分配。同样，决策结构协调也取决于任务结构的性质。代理结构用于解决组织间联系关系的委托代理问题，主要涉及激励合同、风险、收益共享、“自履行”行为以及其他方面的激励相容协调。代理结构方面的协调有助于对不同的任务难度做出合理的补偿，并使各创新主体自觉采取适应任务和环境变化的行动。代理结构协调也要根据各参与方所承担的任务性质、任务之间的相互依赖性等来确定。代理结构与决策结构协调会相互影响，激励性措施、代理人的行为特征会影响决策结构的选择；决策程序与规则的模糊性或不合理性，可能会给代理人带来更多的道德危险，并可能使代理人产生其他形式的机会主义行为。

2.系统目标协同(www.daowen.com)

在重大科技工程技术创新系统演进过程中，不同的创新主体、部门以及主体之间在系统目标上具有一定的差异性。如高校、科研院所等机构追求基础理论的突破和技术进步的程度，创新核心企业和参与企业追求的是本组织在整个系统中的影响力和技术经济效益的最大化，系统的顶层设计部门则追求系统整体性能和效益的最优化。面对不同创新主体或组织的目标差异，需要系统进行协同以求对创新任务的统一认识和理解。

3.系统文化协同

在复杂的重大科技工程技术创新系统当中，各类异质性创新主体在创新思维、组织行为等方面都带有自身组织的文化印记。如果不经过充分的协调和沟通，就会影响彼此的协同合作关系。从本质上讲，不同创新主体间存在的知识背景差异和认知差异，都源于文化差异。这种文化差异的长期存在会阻碍创新系统的组织协同，也是系统组织协同的主要任务。