重大科技工程技术创新系统的组织协同是依靠现代信息技术把系统中的各个参与主体紧密联系起来，在政府有关部门的领导下，通过核心企业的统一协调，根据技术创新系统的目标，在系统范围内实施风险共担、利益共享。各创新主体实行自我管理，彼此之间又互相协作，共同为实现系统的创新目标努力，从而自发形成一种有序稳健的系统组织结构。相对来讲，系统的整体创新能力要远远大于单个创新主体或多个松散主体。系统组织协同的重要作用主要体现在以下几个方面。

1.保持系统的整体创新能力

随着科学技术的不断进步和社会需求的不断变化，重大科技工程技术需求越来越复杂，原有单一学科的技术已不能满足现有的创新需求，技术进步的要求使系统创新的步伐难以停歇。同时，国内对重大科技工程的创新需求不断变化，期望不断提高，加上全球科学技术的迅猛发展，国际技术市场竞争异常激烈，技术封锁、技术垄断、技术制裁等使我国重大科技工程技术创新的压力越来越大。因此，对外部环境变化做出快速反应，保持可持续发展的创新能力，缩短创新的周期，提升系统的技术竞争力是重大科技工程技术创新系统核心组织要考虑的主要问题。解决这一问题的重要方式就是加强系统内各参与主体之间的协同合作，对创新参与主体进行协同管理。协同管理要求系统中各创新主体实施高度的信息资源共享，一方面可以提供多方面的技术人才，从而降低创新的风险水平，节约创新的成本，加快创新研发速度，提高创新的能力；另一方面还能加快新技术或新产品的信息流通，有效缩短创新知识在系统内的流动时间，提高系统内其他企业在新技术或新产品上的适应性。同时，通过系统中创新主体之间的协同合作，还可以及时发现并快速解决技术创新过程中的不可预见问题，及时修正技术创新的路线，优化技术资源的配置，进而保持并不断提高整个系统的创新能力。

除此之外，重大科技工程技术创新在系统组织协同管理的环境下，某个创新参与主体进行创新后，必然要求其他参与主体做出相应的反应来迎合这种创新的需要，这就有可能引发另外的创新，同样，再次的创新也可能带来新的一轮创新。因此，技术创新系统的协同管理营造了一个鼓励创新、支持创新和以创新带动创新的良好的创新环境。

2.提高系统适应外部环境的应变能力(www.daowen.com)

由于重大科技工程技术创新系统自身的复杂性和外部市场对技术需求的难以预测性等系统内外部环境因素的变化，使系统在演进过程中会出现一些突发的风险事件。同时，互联网等新兴技术的普及，使信息传递的速度较快，也给创新系统带来技术泄露的风险，特别是重大科技工程这类结构复杂、技术含量高、关乎国家经济发展的创新活动。面对不可预测的外部环境给系统带来的各种威胁、风险，创新主体需要充分利用现代信息技术和网络技术进行高效的组织协同来应对外部环境的变化。通过构建结构有序的协同关系网络和动态应变机制，系统能够更为可靠、迅速地对外部环境的变化做出准确的反应，并基于创新的组织协同，迅速发现并解决创新活动的关键技术问题，及时处理创新过程中的突发事件。

3.提升创新型人才的综合素质

重大科技工程技术创新系统组织协同管理的范围很广，涉及系统中的所有组织机构。在系统演进过程中，一个创新主体，如核心企业的领导者，不但要重视本主体自身的发展，还要时刻关注系统内其他参与主体的运行情况，注意和其他主体企业进行不间断的协同创新，以保证系统朝着正确的方向健康发展。在实现组织协同创新的过程中，组织领导者需要学习并掌握实现协同管理的各种技术，如网络技术、信息技术等，在提高自身素质的同时，系统内的创新人员为了适应系统的组织协同管理，也必须加强自身的管理技能、技术技能、人际技能等多方面的学习，以适应系统创新发展的需要，从而起到提高系统内领导者和创新人才综合素质的作用。