重大科技工程技术创新在实施过程中，各参与主体为完成系统建设目标都会追求并努力维护与其他主体之间的关系，以建立一种最为有序的系统协同，实现最佳的协同创新效应。

1.系统适应环境的要求

前文已述，重大科技工程技术创新是一个复杂适应系统，自组织是系统演进的主要动力。系统创新活动的开展过程中必不可少要受到外部环境变化的影响，这种变化直接影响系统的自组织行为，使创新参与主体逐渐意识到与其他参与主体保持协同合作的重要性，而参与主体之间进行有序的协同合作是适应系统外部环境变化的一种有效方式。通过协同合作、联合创新，能够避免或减小系统外部环境变化给系统主体带来的影响。(www.daowen.com)

2.追求整体的协同效应

根据系统论的观点，系统中的各参与主体通过相互配合协作能够创造比单个主体独立运作更多的效益，即产生“1+l＞2”的协同效应。因此，为达到这种整体的协同效应，创新参与主体会主观上采取与其他参与主体协同合作的态度，积极进行协同创新工作。创新参与主体可以通过对信息、资源或技术行为的共享而产生规模效益，降低系统协同运行成本，促进知识和技术在系统内的快速流动。如高校、科研院所可以通过开放其技术平台，为核心企业和其他参与企业提供技术研发和试验的环境。由于企业性质的相似性，核心企业和参与企业之间也可以优势互补，在复杂技术创新过程中互相利用各自技术所长，以达到用最小的投入换取最大的利益的整体系统效果。