一般来说，重大科技工程技术创新系统的组织协同是以提高系统创新效率，增强系统内各创新主体及创新主体间的协同创新优势、获取核心创新能力为目的而采取的一系列组织行为，通过制定一定的制度、方法，实现系统内各创新主体或主体间的跨组织职能的协调与协作。系统的组织协同包含各创新主体的有形资源和无形资源的共享，还包含创新主体间的创新业务剥离、技术创新重心调整或创新流程重组等决策时所考虑的关键问题，与系统的组织结构、系统的管理成熟度、系统的组织制度和系统的创新文化等都有密切的关系。

重大科技工程技术创新系统的运行，需要众多创新参与主体之间进行协同合作，因为要开展重大科技工程技术创新活动，众多创新参与主体具有一致的工作目标。从系统的范围看，在创新实践过程中，各参与主体间的边界较为模糊，表现出来的是整体的网络组织结构特征，形成一个完整的创新网络。而组织协同能够加强系统中各创新主体间的密切合作关系，进而建立一种双赢的协同创新合作网络，以共同追求系统的创新目标和价值。(www.daowen.com)

立足于重大科技工程技术创新的参与主体，其参与创新活动的主要目的是实现本主体的利益最大化，其中包括经济利益、技术利益、社会利益等，而系统中各参与主体的这种利益与整个技术创新系统的价值密切相关。创新主体要通过复杂的重大科技工程技术创新活动来实现自身的目标利益，就必须要与系统中其他参与主体进行有效的组织协同。反过来，整个技术创新系统的目标实现，也依赖于系统中各参与主体之间的相互配合协作，系统中任何一个参与主体的无序运作都会影响整个系统的整体利益。因此，重大科技工程技术创新系统的组织协同，为众多创新主体进行复杂的技术创新活动提供了一种有效的组织模式，建立起来的组织协同创新网络也能够保证实现整个系统的创新价值。