重大科技工程技术创新系统是一个多层次、多因素、动态演进的具有复杂联系关系的组织管理系统，其组织结构层次、管理联系跨度和协同关系水平决定了其系统结构的复杂性。系统中的创新主体包括核心主导企业、参与企业、高校、科研院所、政府部门等，各类创新主体均拥有一定的信息、技术和隐性知识，以及可能的创新策略或行动集合。在技术创新的不同阶段，创新主体采取不同的创新策略，以保证实现自身及整个创新系统的价值最大化。创新主体组织间还存在丰富的界面关系，创新主体层次间的关系以及系统信息传递的相互关系都比较复杂，主体之间的功能耦合程度难以提高，其网络组织节点数量众多，各节点创新决策特征不同、素质各异，动态性非常明显。不同创新主体的组织管理跨度在创新过程中也不断变化，其关系水平更多地体现在组织间的协同效率上。因此，重大科技工程技术创新系统结构上的复杂性不同于一般的技术创新线性系统，体现出更为复杂的系统特征。

重大科技工程技术创新系统中一般存在着一个核心企业组织，其他创新参与组织，如科研院所、高校、政府部门、参与企业等，围绕核心企业协同完成创新活动，系统的演进过程是一个以产、学、研合作为基本方式进行协同创新，并不断螺旋上升演化的过程。其中，政府部门一般作为重大科技工程的业主单位，主要协调、指导创新活动的开展，核心企业承担着技术创新活动的具体研发、实施，而高校、科研院所等则为核心企业提供基础理论技术支持并输送创新型人员，参与企业则更多是协助核心企业开展子系统层级的技术创新。(www.daowen.com)