重大科技工程技术创新是一种互动的学习过程，创新行为包含数量众多的各类异质性创新主体的参与，创新过程中存在着组织协同、合作博弈、界面协调等诸多复杂行为要素，创新主体结构复杂性、信息不完全性与技术创新过程的动态性、不确定性之间的矛盾是技术创新系统复杂性产生的机制。

一方面，从技术创新过程模型的发展历程来看，伴随技术创新过程的影响因素越来越多，呈现出复杂化的趋势。重大科技工程技术创新系统的发展，离不开环境的支持，特别是国际、国内政治环境、经济环境、社会环境、生态环境、国防环境等宏观环境因素风云多变，对系统的影响很大。随着社会的进步和物质需求的发展，重大科技工程技术创新系统发展的外部宏观、微观环境和影响因素越来越复杂，使技术创新活动为适应环境变化而呈现出不间断的系统复杂性。

另一方面，当前社会中有限的物质资源同无限的使用需求之间的矛盾，推动了社会生产力的进步，进而极大促进了技术自身的发展。现代技术本身的发展也已逐渐打破了领域、学科的界限，呈现出错综复杂的特点，其技术创新越来越难以用单一理论、方法来解决。因此，重大科技工程技术创新的复杂性除了是因为影响创新因素的多元性和复杂性，还同技术本身也越来越复杂相关。(www.daowen.com)

重大科技工程技术创新是在不同个体和组织的相互联系、沟通和合作中完成的，创新活动由单一主体演变为多主体协同创新。由于多个主体的介入，创新主体之间具有复杂的网络组织关系，创新也必然需要创新主体间进行不停的信息传递与反馈，复杂度也因此大幅度增加。