重大科技工程作为国家创新发展的战略性工程，有别于一般的工程，更需要基础研究支撑和核心技术突破。重大科技工程技术创新系统在接受外部物质、能量、资源、信息的输入与耗散后，在创新主体的协同配合下，逐渐从无序变成有序，最终突破质变实现系统涌现，技术创新过程凸显系统为一个耗散系统、复杂系统。运用系统的观点从局部和整体两个方面深入探讨重大科技工程技术创新系统，可以分析得出重大科技工程技术创新系统具有以下明显特征。

1.自组织性

重大科技工程技术创新系统是一个开放性的复杂系统，系统与外部环境不断地进行物质、能量和信息的交换。在这一过程中，创新主体组织不需要特意的策划、组织和控制就能为了实现系统创新目标而进行相互影响、相互作用、自然演化。也就是说，在重大科技工程技术创新的实施过程中，系统会受到技术需求的拉动，不需要外部任何指令就可以在一定的自然条件下自行产生特定有序的组织结构，这种有序正是源于系统在混沌状态下的自组织演化能力。重大科技工程技术创新的行为最终会导致创新组织不断打破自身平衡、不断寻求偏离平衡态的机会，进而促进技术创新系统的自组织进化。

2.非线性

重大科技工程技术创新系统还是一个开放的动态系统，系统中各技术研发单位或各子系统之间的相互影响和相互联系是一种非线性的复杂性行为。这种非线性相互作用源自系统内复杂信息反馈机制的建立，表现出复杂的网络连接特征，其结果是在整个工程系统范围内造成环境向系统进行不同输入时，系统中的创新主体能够通过系统的反馈调节机制去应付不同的输入，表现出系统的自主性、自稳定、自协调，从而产生相同的或基本相同的输出，使整个重大科技工程的技术系统保持不变的发展方向。(www.daowen.com)

3.涌现性

重大科技工程的技术创新是众多工程参与主体单位共同进行协同创新研究积累技术，经过非线性的复杂总成而逐渐形成的成熟的创新目标和结果，这种创新的结果是多种技术组成部分的非线性系统整合，具有整体性、系统性、不可逆性，是技术发展到一定阶段发生的质的飞跃和提升。因此，从系统视角看，重大科技工程技术创新就是一种涌现，具有系统涌现性。

4.不确定性

重大科技工程技术创新系统的非线性导致其长期行为的不可预测性和不确定性，即重大科技工程技术创新系统在其发展过程中，不断接受外部环境的物质、信息等资源的输入进行系统的演变，同时，系统自身的技术能力等内部条件也影响着系统与环境的交互。因此，重大科技工程技术创新系统受系统内部条件和外部环境变化的影响，其创新结果具有一定的不确定性。当内部条件和外部环境发生重大变化时，创新活动也会存在着不成功（创新活动延期、创新投入超支、技术参数未达到预期要求甚至不合格等）的风险。