从系统的角度分析，重大科技工程的实施需要综合配置使用各种资源，其实施过程充满了不确定性和复杂性，因此，需要从整体视角考虑对其进行系统性的管理[62]，主要涉及行政组织层面和技术组织层面。行政组织层面的管理是指为保证重大科技工程实施过程中对各种资源的优化配置而由政府出面指导进行的组织、保障性的管理活动；技术组织层面的管理是指为完成现有技术的集成、优化、改进，新技术的创新等，以及技术协同层面的若干问题而进行的技术管理活动。重大科技工程实施过程中的这种复杂的管理活动也充斥于技术创新的全过程。本书认为，重大科技工程技术创新系统是指具有多个创新实施主体，在重大科技工程实施过程中，连接技术系统与社会、经济系统，通过投入各类技术资源并将其转化为经济增长和社会进步的一系列创新活动所构成的复杂系统。

重大科技工程技术创新属于复杂系统的技术创新，虽然也具有一般项目技术创新的特点，如创新主体间的成果共创、风险共担、利益共享等，但其构成的主体结构相对一般项目的技术创新系统而言更为复杂，既有核心企业、参与企业、科研单位，也有政府部门、金融机构、中介服务机构、最终用户等组织实体，不仅是产、学、研三个社会系统的结合，而且是国家行政管理和市场机制共同作用，在市场经济下发挥制度优势进行合作攻关的产物。因此，对重大科技工程技术创新系统的管理意义更加重大，管理对象和内容更加复杂，管理手段更加多样化，呈现出复杂系统管理的特点。(www.daowen.com)