在组织机构的完善方面，建议建立由中央和地方政府代表组成设置一个独立的协同发展组织，负责该地区发展规划的编制、执行、评价和完善。美国自20世纪60年代起，就先后成立了区域经济管理的专门组织（地区再开发署和经济开发署），负责统筹落后地区的经济发展，我国也曾经为西部大开发和振兴东北老工业基地成立了西部办和东北等老工业基地振兴司，但是遗憾的是组织机构的权责关系还有待进一步完善。

利益差别化是大区域协调需要控制的关键，跨区域统筹规划和网络合作竞争的实施需要特别关注网络成员合理的长期股权以及收入分配，根据区域的整体发展需要及时改进项目、资金、运行机制和管理体制，搭建起区域间的利益分配机制、政府绩效评估机制和社会信用评估机制。在合作协同机构的统筹下，综合考虑网络市场实际实施、预期收益和成员的贡献、发展战略、风险评估和其他因素，设计一个共享成果、共担危险、协同进步的利益长期配比公式。由中央层面，设立区域开发署，协调关系、制定政策，确保经济政策符合大区域协调的一盘棋。(www.daowen.com)

宏观层面，基于政府在区域规划实施中扮演的重要角色，政府应在原有奖励和约束机制的基础上广泛听取规划区域方面的意见和建议，包括企业、社会组织和居民，形成有效的跨区域规划的激励制度，尤其是政府人员的激励和约束机制。要注重市场化制度和民主法治的建设，破除区域行政性垄断与经济壁垒，通过市场的基础性地位来提高资源配置的效率和技术进步的效率。因此，区域层面，需要提高各级政府的信誉，公务员和相关部门应根据职业道德与法制，坚守党的纪律，在规划的基本标准和执行等工作中依法办事，树立强大的政府公信力。微观层面，应建立健全信用制度，促进区域间的担保网络协作，完善社会诚信系统及其运行机制，使诚信数据可查可判，使诚信主体在规划执行中获得应有的发展机会^[10]。