尽管20世纪八九十年代我国区域经济合作发展较快，在协调地区间关系等许多方面起了重要作用，但由于体制不完善，出现了极为矛盾的现象：一方面区域合作蓬勃发展，另一方面同时存在较为严重的区域冲突。从80年代初的盲目引进与重复布局到80年代中期的地区原料大战再发展到80年代末的地区市场封锁，区域冲突不断升级，不仅严重妨碍了区域经济发展与区域关系协调，而且引发或加剧了诸如“三角债”链延长、假冒伪劣产品泛滥、通货膨胀、企业规模不经济且效益低下等许多重大经济问题。为克服冲突，国务院曾于1990年底发出《关于打破地区间市场封锁，进一步搞活商品流通的通知》，要求“各地区、各部门自觉制止和纠正地区封锁的错误做法”。这一通知对缓解当时较为激烈的地区冲突起了一定的作用，但仍未能消除地区冲突的根源。1993年底，《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》确定了我国社会主义市场经济体制的基本框架。这标志着我国区域经济合作规范化与消除地区冲突有了基本的规范体制依据。江泽民同志在党的“十四大”报告《加快改革开放和现代化建设步伐夺取有中国特色的社会主义事业的更大胜利》中要求“各地区都要从国家整体利益出发，树立全局观念，不应追求自成体系，竭力避免不合理的重复引进。积极促进合理交换和联合协作，形成地区之间互惠互利的经济循环新格局”^[7]。

在这一阶段，由国家计委组织，分别对长江沿江地区、东北经济区、西北经济区、西南和华南部分地区、环渤海地区等进行了统一规划。在对外开放方面，放弃了沿海试点，全方位对外开放格局正在形成。国内与国际区域合作相衔接，有利于国内市场与国际市场的全面接轨。(www.daowen.com)

市场经济体制的确立和全面对外开放格局的形成，使我国区域经济合作开始进入规范化阶段，过去计划体制下的以政府直接调配资源为主的合作方式开始转向“政府搭台、企业唱戏”的以企业为中心的合作。在这一阶段，由于体制改革，许多地区取消了“经济技术协作办公室”这一机构，一时造成了区域经济合作走向衰败的印象。