1991年，金山三岛保护区建立。1995年，金山三岛保护区从码头至半山腰大平台建水泥小路一条，在大金山岛山顶建导航灯塔。此后，增建风力发电设施，多次对大金山岛登山道台阶、围栏、管理房等进行防腐保养、修缮，在三岛中树立岛碑。

1998年崇明东滩保护区建立后，国家和地方财政每年拨付专项资金补充和完善保护区设施装备建设，通过实施保护区一期工程建设项目和崇明东滩湿地保护工程国债项目，建立管理处1处、道口管护站5处、环境教育中心1处和鸟类科普教育基地1处（建有4个主体展馆和1条联络通道）；设置陆地界桩110个和水域浮标10个；设置宣传、指示、解说和警示标牌80个；建立关键物种监测站和野外工作站以及1.7米宽的巡护和科研监测木栈道2.7千米；依托高清视频监控、无线传送、太阳能风能供电等高新技术，建成覆盖保护区范围的无线通信网络、电子监控系统和GIS地理信息管理系统，为保护区鸟类编织一张全天候立体保护网，有效防止偷猎和偷盗行为的发生，并通过日常科学监测，为候鸟保护和珍稀鸟类的研究提供大量宝贵的数据资料；配置一批巡查车辆、望远镜、数码相机和GPS等野外工作设备。

2000年九段沙湿地保护区建立后，在区域内设置指示牌、警示牌和界标，建造简易码头和管理站，购置九段沙01号交通艇，02、03号执法小艇和08号登陆艇等水上交通工具，建立视频监测系统，采用无线传输信号的方式，对保护区进行远程实时监测，保障执法管理和资源保护工作开展。

2002年，为加强野生动物资源保护工作，经商请市公安局同意，市农林局在郊区野生动物主要栖息地和分布区联合设置51块上海市保护野生动物宣传警示牌。长江口中华鲟保护区建立后，成功实施全球首次将卫星定位系统应用于中华鲟增殖放流，保护区在崇明团结沙租用一栋300平方米的小楼作为日常监测管理的基地，租用崇明渔政的渔政船开展湿地监测和管理工作。(www.daowen.com)

2007年，南汇东滩禁猎区建立。2008年，市绿化市容局下达《南汇东滩禁猎区建设与管理项目》，加强禁猎区设施设备建设。

2009年10月31日，市委副书记、市长韩正，副市长唐登杰等来到崇明东滩保护区参加鸟类环志活动，韩正还来到东滩野外监控系统演示点，遥控操作高清监控摄像头，观察到了一群正在东滩栖息的野鸭，他要求保护区继续加强信息化手段，不断提升生态环境保护管理水平。

至2010年，崇明东滩保护区完成总投资3 085万元的崇明东滩生态示范工程基本建设项目一期工程建设及一些专项工程建设，完成保护区基本形态和管护体系建设，基本满足保护区各项工作如办公、执法、交通、通信、科研、宣传与生活的需要，为保护区实施科学管理、提升管护水平奠定良好基础。南汇东滩禁猎区建立了标识和警示系统，配备了巡护设备，提高了管护能力，遏制了破坏野生动物资源违法案件高发、多发态势。全市在14块野生动物栖息地共竖立宣传警示牌71块。