20世纪80年代，上海市野生动植物保护管理主要由市林业站和国家濒管办上海办事处共同承担。1992年，上海市野生动物保护管理站成立，具体负责日常野生动植物保护管理工作。郊区各区县政府部门的野生动植物保护机构，除浦东新区设在新区环境保护和市容卫生管理局，嘉定区和闵行区设在区绿化市容局外，其他都设在区县农委。1993年，崇明县林业站增挂野生动物保护管理站牌子。至2006年，郊区10个区县林业站全部增挂野生动物保护管理站牌子，站内设资源科，有2～3名专兼职人员。郊区乡镇的野生动植物保护管理，由乡镇林业站承担，2009年起由乡镇农业技术服务中心兼管。

2008年，市政府明确9个中心城区的绿化管理部门为野生动物保护工作管理部门，各区明确由区属绿化管理所（署）承担辖区内野生动植物保护日常管理工作。

至2010年，全市从事野生动植物保护管理的工作人员有409人。其中市级野生动植物保护管理机构（包括市林业局野生动植物保护处和市野保站）有工作人员21名，其中研究生学历7人、本科学历9人，高级工程师2人。各区县从事野生动植物保护管理的工作人员共有388人，主要由区县野生动植物保护管理人员以及乡镇管理人员、野生动物巡查员、疫源疫病监测人员组成。在区县管理机构中，有野生动物保护管理人员57人，其中大学本科以上学历39人。乡镇管理人员、野生动物巡查员及疫源疫病监测人员共有331人，主要由乡镇农技人员兼职及林业养护社养护人员或临时聘用人员组成。(www.daowen.com)

全市建有4个自然保护区，上海市崇明东滩鸟类自然保护区隶属市林业局，金山三岛海洋生态自然保护区、九段沙湿地自然保护区和长江口中华鲟自然保护区分别隶属金山区政府、浦东新区政府和市农委。崇明东滩保护区、九段沙湿地保护区、长江口中华鲟保护区相继设立管理处（管理署），人员编制70名，有职工50人，其中35岁以下17人、35～45岁18人、46～55岁12人、56岁以上3人，专业技术人员28人、管理人员22人，研究生学历5人、大学本科32人、专科9人，中级职称14人、初级职称14人。