20世纪90年代中期，上海为充分利用长江上游泥沙资源，加快滩涂淤涨成陆，在崇明东滩等地陆续引进种植外来物种互花米草（互花米草原产于北美东海岸及墨西哥湾）。互花米草扩散速度是芦苇等土著物种的3～5倍，严重挤占芦苇、海三棱藨草等土著物种的生长空间，对滩涂底栖无脊椎动物的生长、鱼类资源的增殖产生严重影响，并对鸟类栖息地及鸟类食源地构成威胁，导致互花米草覆盖区域鸟类生物多样性明显下降。据统计，2000—2005年，崇明东滩互花米草面积增加1 426公顷，而海三棱藨草的面积则减少566公顷。

2001年后，上海市高度重视互花米草在崇明东滩的快速扩散及所造成的生态后果问题。市有关部门先后组织有关高校和科研单位对互花米草的入侵机制、控制方法以及生态影响等方面进行研究，先后试用化学药剂、人工拔除、火烧等方法，但治理效果不佳。

2005年8月，国家环保总局在下发有关新建崇明东滩鸟类国家级自然保护区通知时，要求上海地方政府、主管部门和保护区管理部门在今后的管理中应采取切实有效的措施，控制外来入侵物种互花米草的蔓延。

2006年3月，按照市政府领导有关指示和要求，上海组织复旦大学、华东师范大学等有关高校的专家、学者，市政府20多个委、办、局及相关单位的专家和领导共同组成课题组，对互花米草入侵崇明东滩及相关问题进行历时半年多的专题研究。在综合比较分析国内外互花米草控制与治理经验的基础上，提出采取物理、生物综合方法控制的治理思路，即以修筑围堤、生态因子综合调控和芦苇等土著物种定植的综合方法对互花米草进行控制和根除，然后以优化、改善主要保护对象栖息地为重点，改善受损湿地的生态环境。该年，保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化工程项目正式立项。项目围区总面积为24.2平方千米，围堤总长为26.93千米。项目主要包括互花米草生态控制、鸟类栖息地优化和科研监测基础设施等三大部分，工程建设总投资约10.32亿元，工期约40个月。

2007年，按照环保部、市政府“科学治理、依法保护、持续发展”的要求，市林业局组织编制崇明东滩互花米草控制与治理相关技术方案、项目建议书、项目工程可行性报告和环评报告等。6月，组织上海、北京、南京等有关方面专家对项目实施方案进行论证。7月，国家林业局批复同意实施崇明东滩保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化工程。其间，市科委、市绿化局先后投资1 000余万元，组织重点攻关研究、专题咨询、论证、评估和评审，参与专家近百人，召开各类会议50余次，邀请国家林业局领导，中国科学院、中国工程院院士以及有关行业主管部门领导赴崇明东滩考察近20次，完成了项目预研究和方案研究，推动了项目实施方案的报批。(www.daowen.com)

2008年1月，市发展改革委批复同意项目建议书。3月4日，市林业局会同市滩涂造地公司召开项目推进联席会议暨项目专家组第一次会议，市林业局副局长蔡友铭主持，市滩涂造地公司、复旦大学、上海勘察设计研究院、长江勘测规划设计研究院上海分院、崇明东滩保护区、江苏海宏建设工程有限公司、上海水利投资有限公司以及市林业局有关处室的负责人和专家与会。同年起，经市科委立项，市林业局会同复旦大学、华东师范大学等单位，由复旦大学教授陈家宽、市林业局副局长蔡友铭担任课题组负责人，以东滩的北八滧的100公顷芦苇区作为示范区，开展“崇明东滩鸟类国家级自然保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化关键技术研究项目”（以下简称“关键技术研究项目”）的研究和实验，提出了有关互花米草控制和土著种芦苇恢复的技术规程和4项综合技术。采用“围、割、淹、晒、调、种”等六大措施，通过建立围堤防止互花米草向堤外扩张，对堤内的互花米草通过火烧、刈割清除地上部分，再提高水位进行淹泡，使其根系死亡；待互花米草的繁殖体基本清除后，再排水露出滩涂进行晾晒和翻耕；最后根据规划的空间布局定植一定密度的芦苇，同时构建包括潮沟、水道、水闸在内的水系，将盐度较低的长江水引入围堤内，促进芦苇的生长，并遏制互花米草的复苏。其间，国家林业局和财政部下拨500万元中央湿地补助专项资金，支持互花米草生态治理示范项目。

2009年5月，国家环境保护部、市环保局批复同意工程环境影响评价报告。环评期间，对湿地公约秘书处、湿地国际和国内有关专家对项目实施可能造成湿地生态系统和迁徙鸟类栖息地影响的关切做了有效回应。6月，项目可行性研究报告获批，项目总投资为6.7亿元。9月29日，市水务局组织召开崇明东滩互花米草生态控制工程及东旺沙水闸工程初步设计报告专家评审会，参会的水利部太湖流域管理局、市水务局、市水务规划设计研究院、华东师范大学、市环境科学研究院、市水利学会等单位的专家们认为，报告编制依据充分，基本符合编制规范要求，已达到一定深度，同时提出了修改完善意见。11月23日，长江水利委员会在上海召开《上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化工程防洪评价报告》专家评审会，参会的长江水利委员会、市水务局，南京水利水电科学研究院、长江勘测规划设计研究院、崇明县水务局等单位的专家们一致认为，工程涉及的围堤对长江口北支河道的行洪和防洪影响甚小，基本符合长江口综合整治总体规划的要求，建议长江水利委员会通过工程防洪评价报告的审查。

2010年，市林业局继续协调推进崇明东滩互花米草生态治理项目初步设计审批工作。通过招投标确定施工准备期道路工程施工单位、监理单位，依照工程建设管理程序办理开工手续，项目现场指挥部和项目专家工作组成立，施工准备期道路工程基本完成。至年底，示范区建成两侧长1 000米、宽700米、总长为2 700米的围堰，完成围堰区内人工潮沟和生境小岛、泵站、排水系统和互花米草刈割等工程，形成面积约66.67公顷环境相对封闭、水位可调控管理的优化区，成功控制区域内互花米草的生长和蔓延。示范区湿地生境恢复和优化效果明显，鸟类栖息数量和种类逐渐增多，雁鸭类、鸥类、鹭类等已在示范区域内栖息，水鸟种类由原来的12种增加至40种，其中鸻鹬类由3种增加至15种，鸥类由1种增加至4种，鹭类由7种增加至8种，雁鸭类由0种增加至9种，包括珍稀濒危鸟类鸳鸯和候鸟里的“大熊猫”黑脸琵鹭。水鸟密度由原来的20只／平方千米增加至1 600只／平方千米。2010年12月25日，《人民日报》（海外版）以《打造鸟类的天堂》为题进行报道：“为了保护好这片候鸟的栖息地，崇明东滩鸟类国家级自然保护区付出了艰辛的努力。”该年，完成“关键技术研究项目”结题和验收工作。示范区互花米草治理初现成效，验证了采取“围、割、淹、晒、种、调”综合治理方法对互花米草进行生态治理的科学性和有效性，为大范围互花米草生态治理和鸟类栖息地优化提供技术支撑，打下扎实基础。2010年后，市林业局继续稳步推进互花米草生态治理项目。

（补记：2012年12月，市发展改革委批复同意《崇明东滩互花米草生态控制和鸟类栖息地优化工程可行性研究调整报告》。该年保护区完成围堰4 000多米，实现166.67公顷区域范围的封闭并蓄水，完成雁鸭类栖息区、鸻鹬类栖息区、芦苇带鸟类栖息区监测步道的营造。2013年3月，项目指挥部正式运转。9月底，项目主体工程开工建设。2017年5月，市发展改革委下发《关于上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区互花米草生态控制与鸟类栖息地优化工程概算调整的批复》，新建围堤外新蔓延的互花米草治理工程，实施2＃修复区涵闸外港防淤减淤工程，新增生态修复区配套生态监测系统及配套公共服务设施，新建湿地生态系统定位观测站等，新增投资12 879万元，至此，工程概算调整为11.6亿元。至2017年年底，崇明东滩生态修复项目取得阶段性的成效，形成2 666.67公顷环境相对封闭，水位可调控管理的修复区，使该区域能根据互花米草治理的水位要求和鸟类栖息要求对水位进行调控管理，也为区域内进行灌浆纳苗，保持底栖动物种类和数量的稳定奠定了基础；成功控制区域内互花米草生长和扩张，通过水位调控和带水刈割，灭除了区域内1 333.33公顷的互花米草，灭除率达95％以上；区域内生境明显改善，鸟类种群数量显著增加，根据有关监测报告，在生态修复区记录到的雁鸭类数量占同期保护区总数的65.88％，鸻鹬类数量则占到22.12％，部分区域在夏季已经成为部分夏候鸟繁殖的筑巢场地，东方白鹳、白头鹤、小天鹅、黑脸琵鹭等国家珍稀保护鸟类大量回归东滩越冬栖息，效果十分明显。）