保护区建立后，加强与国内外科研、教学单位和保护组织合作，开展科学研究和资源监测工作，不断向专业化、科学化、精准化迈进，科研水平逐步提升，在资源调查、科研监测、鸟类环志、野生动物疫源疫病监测等方面取得较好成绩。1998—2005年，围绕保护区现状、管理对策、重点保护物种生态学研究以及资源持续利用开展科学研究。2006—2010年，围绕生态恢复、保护区功能区划调整等关键问题开展科学研究。其间，先后开展长江中下游越冬鸟类同步调查、崇明东滩鸟类栖息地综合评价、保护区功能区划分理论方法研究、上海野生鸟类禽流感监测与防控对策的初步研究、崇明东滩白头鹤的迁徙路线和越冬地现状研究，以及湿地经济资源可持续利用、退化湿地修复和重建技术、社区环境教育等课题研究。同时，保护区管理处开展自然资源及环境因子监测、迁徙鸟类调查监测、鸟类环志以及野生动物疫源疫病监测等，监测体系不断完善，建立以GIS为基本框架的保护区管理信息系统，监测内容在实践中不断充实、改进和完善。科学研究和资源监测为长江河口区域鸟类及其栖息环境保护，以及保护区建设、管理和发展提供了科学的决策基础和重要依据。

【资源调查】

2000年8月，市农林局组建保护区科学考察队，启动本底资源野外调查工作。至2003年年底，完成外业调查和内业整理工作，形成《上海市崇明东滩鸟类自然保护区本底调查报告》，通过专家鉴定。2004年形成《上海市崇明东滩鸟类自然保护区科学考察集》。

2004年3月，复旦大学生物多样性科学研究所受世界自然基金会北京办事处委托，开展保护区鸟类栖息地现状调查评估工作。2005年12月，形成《崇明东滩鸟类自然保护区鸟类栖息地现状评价报告》，为了解不同历史时期崇明东滩湿地的变化，分析不同湿地鸟类群落的变化趋势以及外来植物入侵对鸟类群落的影响，以及保护区持续管理积累了丰富、翔实的基础数据资料。

【科研监测】

自然资源及环境因子监测　1998年后，保护区管理处依托上海有关院校组织实施保护区植被、底栖动物和鱼类等自然资源及水文、水质、滩涂淤涨等环境因子的多方位监测，根据监测结果对保护区资源状况进行综合分析和评价。保护区与复旦大学、华东师范大学合作，分别建立全球碳通量东滩野外观测站、长江河口湿地生态系统研究野外站、禽流感生态安全实验室，重点开展全球范围内湿地碳循环以及湿地生态服务功能的研究工作。其中以研究河口滨海滩涂湿地生态系统碳、水循环过程为重点的全球碳通量东滩野外观测站是中美碳循环研究联盟（USCCC）的成员台站。2007年，保护区首次编写和发布《2006—2007年上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区年度资源监测公报》，监测结果显示，互花米草的入侵可能导致海三棱藨草在长江口盐沼湿地的灭绝，过度捕捞严重威胁东滩大型底栖动物的生物多样性和可持续利用，鸟类正面临着来自互花米草扩散、人工湿地管理落后及滩涂人类活动的严重威胁。

2008年，监测结果显示，海三棱藨草的生长受到互花米草的入侵威胁，仅在东滩东部至南部低潮区的狭长地带有生长，且只有20～40米，保护海三棱藨草已经刻不容缓；东滩滩涂是东滩大型底栖动物数量最大的核心区域，潮沟大型底栖动物物种数和总密度较为均衡；盐度和浊度是影响浮游动物空间分布的主要环境因子；潮沟鱼类的分布与盐度十分相关，夏秋季是鱼类利用盐沼潮沟的主要季节，夜间则是鱼类利用盐沼的主要时间。

2009年，监测结果显示，在东滩潮间带滩涂发现16种植物，比2006年多了8种，互花米草生长迅速，北部区域已经成为东滩面积最大的植物群落类型；在对潮间带滩涂5条样线的监测发现，东滩大型底栖动物主要分布在东滩东部，北部滩涂由于人为活动以及互花米草入侵影响，光滩生境底栖动物密度和多样性指数均很低；在对采集到的35种浮游动物的监测发现，浮游动物密度与水温和叶绿素a浓度呈显著正相关关系，潮沟上游浮游动物密度高于中游和下游；监测发现鱼类37种，利用崇明东滩潮间带盐沼植被区的鱼类至少24种，盐沼植被区是许多鱼类育幼的区域。

2010年，监测结果显示，从东滩潮间带的总植被面积来看，与2009年基本大体相当，但不同区域的植被扩张态势有所不同，海三棱藨草群落进一步呈现衰退现象；大型底栖动物主要分布在以光滩和海三棱藨草植被区为主的区域，底栖动物群落物种组成的变化，可能会对鸟类觅食和栖息地的选择具有一定的影响；大型浮游动物个体数与盐度和溶氧呈显著正相关关系，而与p H呈显著负相关关系；鱼类群落显示明显的季节与空间动态，水环境因子在时空格局中扮演了重要的角色，保护区不同区域具有高度的生境异质性，不同区域在不同季节具有不同的鱼类保育功能，这为保护区不同区域的巡护管理提供了科学依据。

至2010年，保护区共编写发布4期保护区年度资源监测公报。

迁徙鸟类调查监测　保护区管理处每年组织开展迁徙水鸟同步调查和监测工作，积累大量鸟类资源种类和数量分布的基础数据，初步掌握保护区内水鸟资源数量的动态变化情况。2003年，先后观察记录到国家一级重点保护野生动物白头鹤135只、东方白鹳1只、黑鹳2只（东亚地区数量约100只），国家二级重点保护野生动物黑脸琵鹭、白琵鹭、灰鹤、白枕鹤、小天鹅等珍稀濒危鸟类，黑脸琵鹭全年突破130只（全球数量约1 000只）。2004年，观察记录到黑嘴端凤头燕鸥、渔鸥、小杓鹬、流苏鹬等珍稀濒危鸟类。其中黑嘴端凤头燕鸥、渔鸥为上海首次记录到，黑嘴端凤头燕鸥是世界上濒危的鸟种之一，小杓鹬为国家二级保护动物。

2006—2007年，调查记录到水鸟76种、6.7万只次。记录到国家保护和珍稀濒危水鸟10种，其中国家一级保护动物白头鹤110只，国家二级保护动物灰鹤10只、黑脸琵鹭41只、白琵鹭64只、小天鹅11只、鸳鸯16只、黑嘴鸥76只，《中国濒危动物红皮书》（以下简称《红皮书》）近危物种大杓鹬98只、罗纹鸭23只，《红皮书》易危物种鸿雁33只。

2008年，记录到水鸟73种、5.99万只次，其中国家重点保护和珍稀濒危水鸟10种，国家一级保护动物白头鹤113只，国家二级保护动物灰鹤10只、黑脸琵鹭22只、白琵鹭21只、小天鹅8只、鸳鸯16只、黑嘴鸥86只，《红皮书》近危物种大杓鹬11只、罗纹鸭48只，《红皮书》易危物种鸿雁40只。同年11月22日，在捕鱼港管护站附近的人工湿地中记录到世界级濒危鸟类紫水鸡，为上海水鸟新记录。紫水鸡是一种非常珍贵的美丽大型水鸡，被誉为“世界上最美丽的水鸟”。

2009年，记录到水鸟79种、3.3万只次，其中国家保护和珍稀濒危水鸟9种，国家一级保护动物白头鹤96只，国家二级保护动物灰鹤8只、黑脸琵鹭57只、白琵鹭49只、小天鹅6只、鸳鸯2只，《红皮书》近危物种罗纹鸭453只，《红皮书》易危物种鸿雁3只、花脸鸭833只。

2010年，记录到水鸟78种、55 337只次，其中鸻鹬类是最大的类群，数量达到32 021只次，占调查总数的57.87％；其次是雁鸭类、鸥类和鹭类。记录到国家保护和珍稀濒危水鸟13种，其中国家一级保护动物白头鹤97只、黑鹳1只，国家二级保护动物灰鹤13只、黑脸琵鹭19只、白琵鹭26只、小天鹅3只、鸳鸯28只、黑嘴鸥25只，《红皮书》近危物种大杓鹬34只、罗纹鸭22只、花脸鸭72只、半蹼鹬1只，《红皮书》易危物种鸿雁42只。(www.daowen.com)

鸟类环志工作　保护区建立前开展过鸟类环志工作。1986—1996年，崇明东滩环志工作由崇明县鸟类环志站组织开展，共环志水鸟31种、1 158只，其中大滨鹬占环志水鸟总数33％，红颈滨鹬占13％，黑腹滨鹬占11％，斑尾塍鹬占9％，翘嘴鹬占7％，红脚鹬、青脚鹬、尖尾滨鹬各占5％，铁嘴沙鸻、灰斑鸻、红腹滨鹬、环颈鸻各占3％。

2002年9月，保护区首次开展迁徙鸟类环志工作，历时13天，共环志放飞鸟类24种、381只；回收1只1996年4月10日在崇明东滩环志的斑尾塍鹬。此后，保护区每年开展春秋两季环志工作。2003年，保护区在开展鸟类环志的同时进行彩色旗标系放工作，共环志迁徙鸟类34种、1 355只；回收到澳大利亚、日本环志的鸟类各1只。2004年，共环志和旗标鸟类38种、2 310只，回收或观察到环志鸟类5种、23只（其中1只为崇明东滩系放，其余来自澳大利亚）；澳大利亚、美国以及中国香港地区、台湾地区共回收或观察到崇明东滩系放鸟类39只。

2005年，保护区与复旦大学生物多样性研究所开展合作，请澳大利亚涉禽研究组进行专业指导，共环志和彩色旗标鸟类37种、5 739只，其中包括5只国家二级保护动物小杓鹬，以及在国内首次捕获并环志的红颈瓣蹼鹬和大沙锥。澳大利亚、新西兰、美国以及中国香港地区、台湾地区共观察到崇明东滩系放鸟类79只。

2006年，保护区首次采用彩色旗标编码法，有效提高环志鸟类的目击收集信息量，共环志鸻鹬类40种、7 265只，成为世界上年环志鸟类数量最多的环志点之一。回收环志鸟类10种、50只，分别来自澳大利亚、新西兰、日本等国家，以及中国台湾地区等。该年，环志持续时间长达123天，覆盖鸻鹬类迁徙的高峰期和基本覆盖整个迁徙期，为进一步揭示鸻鹬类在东滩迁徙停留的规律提供详细的数据资料。2007年，共环志鸻鹬类38种、5 581只，用编码旗标标记鸟类894只，回收环志鸟类5种、32只。至2008年年底，保护区共环志鸟类45种、2.5万余只；回收记录15种、293只，涉及澳大利亚、日本、新西兰、俄罗斯、美国、马来西亚、菲律宾等国家，以及中国香港地区、台湾地区等，其中以回收澳洲鸟类最多，为12种、210只。2008年，保护区被评为全国鸟类环志工作先进单位。

2009年10月31日，市委副书记、市长韩正与普华永道名誉主席沈德培、银瑞达董事会主席沃伦伯格等近30位国际知名企业家及随行人员、新闻记者等100余人，齐聚保护区参加鸟类环志活动，并放飞黑腹滨鹬，《解放日报》《文汇报》《新闻晚报》《新民晚报》、东方卫视、上海热线等多家新闻媒体予以报道，宣传上海在生态环境保护方面取得的成果。该年开展芦苇带鸟类环志监测工作，环志6次、54天，捕鸟29种、648只，包括国家二级保护动物小鸦雀1只，《红皮书》近危物种震旦鸦雀442只。全年共环志旗标迁徙水鸟41种、5 211只，回收水鸟7种、56只，编码旗标回收及目击16笔，首次回收到澳洲塔斯马尼亚岛环志的翻石鹬。

2010年，共环志旗标水鸟42种、4 518只，回收水鸟7种、54只。芦苇带林鸟全年共环志33种、1 050只。震旦鸦雀数量达498只。

至2010年年底，保护区共环志鸻鹬类49种、3.61万只，其中环志鸻鹬类的种类和数量为全国之首，受到国际研究组织及国内同行的肯定和赞扬。鸟类环志收集大量鸟类生物学基础数据，为全球迁徙鸟类研究和保护提供重要依据，保护区科技人员先后在国内外水鸟或湿地研究的专业杂志或期刊上发表近10篇论文或通讯报道，引起全球水鸟研究人员的关注。据鸟类环志和迁徙能量生态学研究，一些长途迁徙物种，如斑尾塍鹬和大滨鹬等从澳大利亚起飞后直飞崇明东滩，途中不作逗留，其直线距离达到4 800千米。

野生动物疫源疫病监测　2005年，国家林业局在保护区设立上海崇明东滩国家级野生动物疫源疫病监测站。为切实做好野生动物疫源疫病监测工作，保护区组建领导小组及工作小组，制定《野生动物疫源疫病应急反应预案》，明确责任人；安排18平方米的专用实验室，新增实验设备14台（套），投入资金150万元。按照“第一时间发现、第一时间报告、第一时间处置”的工作要求，设置野外重点监测样线9条105千米，覆盖保护区潮间带总面积（可监测区域）的80％，并使用GPS定位系统确保样线监测工作质量。2009年5月25日，保护区的两名初检人员在野生动物疫源疫病监测站初检实验室首次独立对捕捉到的野生鸟类进行H5型流感病毒HA抗体检测，该次检验的血清标本中的H5型流感病毒HA抗体均呈阴性。2010年春季，采集并检测鸟类血液样本98个，其中37个样本被超低温长久保存，初步建立鸟类血液样本库和数据库。全年共监测到鸟类84种21.5万只，相关数据录入GIS系统。2005—2010年，累计步行监测里程达4.5万千米；信息快报做到每日按时传送，其传送率和及时率都达到100％；开展野外监测人员知识技能培训和流行病学快速检测技术培训150人次。

【科普宣传】

1998年保护区建立后，每年编制科普宣传计划，依靠自身资源优势，结合“世界湿地日”“爱鸟周”“保护野生动物宣传月”和“世界环境日”等活动，面向周边社区、学校和岛内外市民开展科普宣传工作，提升公众对保护自然、保护湿地、保护鸟类的意识。2003年9—12月，保护区开展上海市中小学生“走进湿地”科普教育活动，全市100多所中小学5万多名学生通过读书、上网、考察、交流“亲近”崇明东滩国际重要湿地。2005年1月，保护区举办湿地·水鸟影像展，用数码影像技术展示湿地的生态服务功能及效益，参观展览的市民和外国友人达5万余人次。同年，保护区开展区徽征集活动，共收到来自全国25个省（区）的221位作者的300多幅设计作品，经遴选确定了保护区徽标样式。保护区开通官方网站，年发布原创信息500余条，为市民大众了解保护区提供第一手资料。

2006年7月22日，保护区开展晋升国家级自然保护区一周年纪念活动暨《崇明东滩国际重要湿地》首发仪式，向16位保护区专家顾问委员会成员颁发聘书，《解放日报》《新民晚报》《新闻晨报》、上海电视台等多家新闻媒体对活动进行报道。8月19—20日，中国农业电影电视中心《保护国家生态安全保障——中国湿地》摄制组在保护区进行滨海湿地专题拍摄。2007年，保护区投资近百万元建立北八滧环境教育中心，为全国青少年、自然保护区管理人员和广大市民提供环境教育实习、培训、科普教育的场所。

2008年5月，经专家评审和市科普工作联席会议审核批准，保护区被命名为上海市科普教育基地。同年，保护区与世界自然基金会、“牵手上海”志愿者服务组织共同开展长江中下游首个湿地保护区“志愿者之家”建设工作。保护区官方网站改版，增加《网上咨询》《网上办事》和《信息公开》等栏目，增强宣传与服务功能。保护区编辑制作1分钟公益广告片，在沪-崇18艘摆渡船上滚动播放，制作码头灯箱广告、宣传展板和IP电话卡。全年接待市内外新闻媒体采访报道20多批次，中央电视台制作了《超级捕手》专题片，崇明东滩鸟类和湿地保护受到社会各界的关注和好评。2009年2月9日，举行《崇明东滩国际重要湿地》（英文版）首发仪式，向市野生动物保护特色学校、有关高校和科研单位、非政府组织代表捐赠新书。12月，中国科学技术协会确定保护区为全国科普教育基地。

2010年1月，市科普教育基地联合会授予保护区“上海市2009年度科普先进集体”称号。2月2日，保护区开展湿地日“应对气候变化，携手保护生物多样性——我的东滩之旅”主题活动。4月，开展以“低碳观鸟”为主题的爱鸟周活动。6月5日“世界环境日”，举行通用汽车（GM）首个志愿者生态服务基地落户东滩仪式，吸引大量游客关注。12月，市科普教育基地联合会授予保护区科普教育基地“上海市2010年度科普先进集体”称号。

至2010年年底，保护区管理处组织“市民观鸟”活动470人次，组织“认养水鸟、放飞爱心”活动60余批次，组织通用、Intel、摩根斯坦利、3M等在沪知名跨国公司、高校社团和普通公众参与保护区志愿者项目活动251人次。保护区与众多大中小学校联动开展丰富多彩的暑期实践活动和校园科普活动，深入周边社区、渔船、边防哨所开展宣传和联谊活动。此外，保护区拍摄制作《相约东滩》等电视宣传片5部，制作出版《崇明东滩国际重要湿地》（画册，中文版和英文版）、《爱鸟　赏鸟　护鸟》科普书籍、《观鸟手册》《鸟情通报》以及宣传折页、台历、展板、户外灯箱等宣传品12种、2万多册（件），累计投入资金200余万元，取得良好的社会宣传效果。