1998年保护区建立后，先后完成地理信息管理系统开发，崇明东滩高清视频监控点、各管护站视频监控点和保护区管理处视频监控中心建设，以及野外巡护交通、通信、照相和科研、宣教、实验等设备配置。保护区管理处通过制定野外巡护制度、道口执勤制度和人员考核制度，不断加大野外巡护检查和执法管理力度，根据鸟类迁徙规律和不法分子活动规律，定期开展日常巡护检查，并与专项执法行动和电子远程实时监控相结合，及时制止偷猎偷盗等违法行为。通过持续开展清除高脚屋、拆除定置网等专项执法行动，有效遏制破坏滩涂资源和自然环境的违法行为；通过社区联席会议制度，实施保护区季节性封区管理、入区管理前移至保护区外围主要道口以及滩涂资源利用采取限额管理等措施，使保护区内人类活动在可控范围内。

2003年4月，市政府发布《上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理办法》（以下简称《管理办法》），为依法加强湿地资源以及迁徙鸟类资源保护管理奠定了基础。2003年5月1日起，按照《管理办法》关于进入保护区人员数量控制和相关活动管理的规定，保护区管理处实施进入保护区临时通行证管理制度。至年底，受理申请进入保护区进行参观访问的人数近4万人次，受理申请进入保护区从事捕捞等特殊作业活动以及科学研究、环境教育等活动的人员分别为2 500人次、1 000人次。保护区管理处全年共出动执法人员500余人次，依法查处违法案件10件（其中2件移交公安处理），处罚教育20人次，收缴并放飞活体鸟类近400只，没收猎捕鸟类的网具80张。

2004年，市农林局印发《上海市崇明东滩鸟类自然保护区通行证管理办法》，按科学研究、教学实习、特殊作业和一般参观4类，对进入保护区人员实施分类控制管理，年申领保护区通行证控制在2万～4万人次。保护区管理处全年组织夜间执法8次，出动执法人员102人次，徒步巡查滩涂线路80多千米，巡查海岸线路程达120千米。同年起，保护区与崇明县农委、水务局、旅游局及周边的上实公司、陈家镇政府、东旺沙边防派出所等单位建立联席会议制度，协调解决宣传标牌用地、管理哨卡前移、上堤车辆通行、捕捞作业管理、区域联合执法和违法作业、入区船舶及放牧整治等管理交叉问题，增强了保护区的管护执法能力。

2005年始，保护区管理处与东旺沙边防派出所开展警民共建文明窗口活动，促进思想政治和工作作风建设、专业技术和管护能力建设、内务管理和服务形象建设及办公秩序和站点环境建设。同年，保护区执法人员在巡护中查获大滨鹬39只，将2名偷猎嫌疑人移交公安机关侦查。2006年，保护区建成地理信息管理系统，该系统具有查询资料、空间分析、趋势预测以及三维动态显示等功能，发挥各类数据的综合效应，提升了管护执法效率和科学研究水平。2007年12月3日凌晨，保护区执法人员查获被毒杀野鸭137只，并将1名偷猎嫌疑人移交公安机关处理。同年，保护区获“2005—2006年度上海市军民共建社会主义精神文明先进集体”称号。(www.daowen.com)

2008年6月，保护区管理处在各监测站入口竖立起监测线路图牌，各管护站道口新建通行证检查标识。2008年11月—2009年3月，开展越冬鸟类保护“夜鹰”专项行动，共出动执法人员276人次，警告30多人次，没收蟛蜞、鱼等近200千克，清除捕鱼网具300多米，收缴野生鸟类85只。破获1起非法狩猎案，当场缴获被毒杀的绿头鸭64只，执法人员将偷猎嫌疑人移交公安机关处理，当事人沈某被判处有期徒刑8个月。堵截2名偷猎嫌疑人，查获被毒杀野生鸟类21只、下水裤2条、电瓶灯1盏。该年在行政许可审批改革中，将有关入区人员管理纳入相关行政许可管理和保护区各管护站日常入区检查及巡护管理，对科学实验、环境教育或教学实习、特殊作业、参观考察、区域管理五类通行证实行行政许可审批，严格按照年度入区人数控制方案进行分类受理和管理。全年共办理各类通行证8 663张，其中环境教育或教学实习类26张共282人，特殊作业类（含拍摄影片）165张，参观考察类8 377张共56 238人。

2009年3月，保护区管理处启动春季迁徙鸟类保护“春隼”专项行动，历时3个月，共出动巡护执法人员近500人次，巡护路程达4 000千米，查处非法狩猎案、非法入区捕捞案各1起，行政处罚3人，没收捕鸟网具1套，罚款共1 800元。8月，东旺沙边防派出所在保护区设立警务站，并派出边防战士共同参与日常巡护，增强巡护力量，提高巡护威慑力。11月，开展“夜鹰二号”行动，联合崇明县林业站、东旺沙边防派出所开展执法行动6次，清除地笼、定置网、粘网等。全年办理外国人进入自然保护区行政许可2项，其中新闻媒体采访、科研活动各1项，涉及法国、英国等国家公民。

2010年，保护区管理处制定《关于加强保护区出入道口管理工作的通知》，强化入区人员和出入道口管理力度，发放各类通行证4.36万张，其中参观考察类4.34万张、43.5万人次。办理外国人进入自然保护区许可6项，其中新闻媒体采访2项，科研活动4项，涉及日本、澳大利亚、法国、荷兰等国家公民。同年，开展“夜鹰二号”“春隼二号”专项执法行动，出动巡查执法人员3 750人次，巡护路程近3.45万千米，在崇明县电视台和广播电台连续10天播放《越冬鸟类保护管理通告》，发放宣传资料2 290份，悬挂宣传横幅18条，张贴通告35份，在大石头景点、学校和前哨社区宣传5次。与林业、公安、边防、水务和渔政等部门开展联合执法行动，通过下滩检查、水上巡查、路上盘查和哨卡截查等措施，清除地笼9只约50米，割除定置网竹竿1 355根、网具约4 500米，现场查处违法铺设吹沙管道1起，有效遏制偷猎鸟类等违法行为。