1998年2月，完成保护区建区论证研究报告。研究报告认为，崇明东滩鸟类资源十分丰富，生境质量完全适应鸟类栖息停留，很有保护研究价值。建立融保护、科研、教育、旅游、生产为一体的鸟类自然保护区非常必要，并在国内、国际上具有重要影响。由于东滩仍在淤涨，保护区宜采取动态保护原则，定期予以调整，以兼顾保护与开发两方面利益。保护区范围划分为核心区、缓冲区和科学试验区等3个功能区，以体现保护重点和合理布局。在保护区建设步骤上，采取先建立地方级保护区，逐步过渡到国家级保护区。充分吸取借鉴国内外保护区的管理经验，须建立保护区管理机构、明确滩涂管理使用权属，确保建区后各项管理保护措施落实到位。

2001年，市农林局组织编制保护区总体规划。规划确定保护区的性质、建设方针和建区目标，提出保护和合理利用的原则和具体措施，以已被破坏湿地的恢复和重建工程为重点，对规划实施期内保护区各项建设和管理进行比较系统的规划。规划实施年限为2002—2020年，以努力建设与上海国际化大都市相匹配的国内领先、国际具有一定影响力的自然保护区为发展目标。规划提出，今后10年，保护区将逐渐建设成为上海地区生物多样性保护基地、长江河口研究重要集聚地、中小学生环境教育和社会实践的野外基地以及市民回归自然的休闲基地。规划还提出建设崇明东滩国家级湿地生态示范区的具体构想。

2002年3月，开展国家级自然保护区申报工作，市农林局委托浙江省林业勘察设计院编制《上海市崇明东滩鸟类自然保护区总体规划》。规划以保护工程为重点，对规划期内的各项保护、科研、宣传教育、生态旅游等建设与管理进行比较系统的规划。(www.daowen.com)

2003年2月，为推进国家级自然保护区申报工作，市农林局启动《上海市崇明东滩鸟类自然保护区总体规划》修编工作，根据崇明东滩湿地生态系统的演替规律和实施动态保护、加强有效管理的原则，保护区区域范围由326平方千米调整至241.55平方千米，分为核心区、缓冲区和实验区等三大功能区域。

2007年7月，受保护区管理处委托，国家林业局昆明勘察设计院联合华东师范大学河口海岸学国家重点实验室、国家高原湿地研究中心，共同承担保护区总体规划前期研究工作，历经两年，形成《崇明东滩鸟类国家级自然保护区保护和管理现状综合评估报告》等3个专题研究报告以及《崇明东滩鸟类国家级自然保护区总体规划前期研究》。2009年9月始，编制《崇明东滩鸟类国家级自然保护区总体规划（2011—2020年）》。2010年12月，形成总体规划并报国家林业局审批。2011年2月，国家林业局予以批复。总体目标为通过10年建设，着力构建保护区科学管理和发展体系，保持并加强保护区基本生态功能稳定，逐步将保护区建设成为国内领先、国际一流的国家级自然保护区，使其成为国际重要湿地研究公共服务平台和全国湿地管理培训基地、崇明生态岛的门户地区、全国沿海大通道的生态窗口展示地区。总体规划按照一次规划、分期实施的原则，分近期（2011—2015年）和中长期（2016—2020年）两期实施，对各期完成的目标、措施、投入等分别进行了规划。