1998年11月，市政府批准建立上海市崇明东滩鸟类自然保护区（以下简称“保护区”）。保护区位于长江入海口、我国第三大岛——崇明岛的最东端，是我国规模最大、最为典型的河口型潮汐滩涂湿地，是具有国际重要意义的生态敏感区，是亚太地区候鸟迁徙路线的重要组成部分，对维持迁徙候鸟种群的生命过程发挥着重要作用。同时，也是长江水系和东海近岸水生生物的重要洄游通道和繁育场所。

保护区总面积241.55平方千米，其中核心区183.34平方千米，缓冲区8.74平方千米，实验区49.47平方千米；岸线长度约50千米。范围在东经121°50′～122°05′、北纬31°25′～31°38′之间，南起奚家港，北至北八滧港，西以1988、1998和2001年建成的围堤为界限，东至吴淞标高零米线外侧3 000米水域为界，呈仿半椭圆形，航道线内属于崇明岛的水域和滩涂。

保护区及其周边84.45平方千米国际重要湿地范围内共有各类野生动物602种，其中鸟类290种、两栖爬行类16种、底栖动物70种、兽类10种、昆虫103种、鱼类94种、浮游动物19种，东滩潮间带拥有高等植物12种。鹤类、鹭类、雁鸭类、鸻鹬类和鸥类是主要水鸟类群，观察记录到国家重点保护一、二级野生鸟类共40种，占崇明东滩鸟类群落组成的15.06％，其中列入国家一级保护野生鸟类有东方白鹳、黑鹳、白尾海雕、白头鹤和中华秋沙鸭等5种，列入国家二级保护野生鸟类有35种。

保护区的建设和发展，经历了从无到有，从默默无闻到国际知名，从普通的自然保护区到追求高水平的世界级自然保护区的建设，走过了筹建论证、晋升国家级自然保护区、推进国家示范自然保护区建设等3个阶段。(www.daowen.com)

20世纪80年代至1998年，为筹建论证阶段。国内外众多专家、学者在崇明东滩开展调查研究，为划建保护区奠定科学基础。1990年，市农业局牵头组织开展保护区建区论证前期研究。上海师范大学虞快、孙振华教授在《上海环境科学》杂志上提出建立崇明东滩候鸟自然保护区设想。1991年，市建委、市环保局、国家海洋局东海分局、市农业局联合成立崇明东滩鸟类自然保护区规划组，开展建区论证研究。1992年，崇明东滩被《中国生物多样性行动计划》列为具有国际意义的二级湿地生态系统类型。1995年，上海开展崇明东滩鸟类保护调查，考察东滩鸟类生态环境现状，为林业部在崇明东滩建立国家重点鸟类保护环志站提供决策依据。1996年3月18—27日召开的国际湿地公约第六届缔约国大会上，中国政府将崇明东滩等3块重要湿地纳入亚洲—澳大利亚涉禽保护区网络。同年6月，林业部向市政府行文，建议建立上海崇明东滩湿地自然保护区。8月，国家级自然保护区评审委员陈昌笃、郎惠卿等四人向市政府提出《关于建立上海崇明东滩自然保护区的建议》，得到市长徐匡迪、副市长夏克强的批复。1997年1月，国务委员宋健向林业部批转著名鸟类学家郑作新、郑光美等关于建立保护区的信件。2月，市农业局向徐匡迪、夏克强上报保护区建区方案，对保护区的性质、保护对象、范围、管理、经费等提出建议。11月起，市农林局按照市政府办公厅意见会同市环保局、市计委、市农委、市规划局、市水利局等8个部门开展建区规划调研，至1998年2月完成建区论证研究报告编制工作。1998年11月，市政府批准建立保护区，明确保护区由市农林局主管。1999年4月，市机构编制委员会同意建立上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理处（以下简称“保护区管理处”）。

1998—2005年，为晋升国家级自然保护区阶段。保护区建立后，牢牢抓住国家示范自然保护区建设、上海宜居生态城市建设、崇明生态岛建设以及2010年上海世博会等重大机遇，按照生态治理求实效、管护执法上水平、环境教育有突破、科学研究攀高峰的总体思路，努力建设国内一流、国际具有重要影响力的国家级自然保护区，全面推进科学研究、资源监测、科普宣传、管护执法、生态恢复、基础设施建设、国内外交流合作等各项工作，进入有序管理和科学保护的轨道。1999年7月，保护区成为东亚—澳大利西亚涉禽保护区网络成员单位，2000年被《中国湿地保护行动计划》确认为国家重要湿地；2001年被中国政府列为未来5～10年优先保护的17个生物多样性关键地区之一；2002年1月，保护区及毗邻的84.45平方千米人工湿地被列入《国际湿地公约》下的国际重要湿地；2005年7月被批准为国家级自然保护区。

2005—2010年，为推进国家示范自然保护区建设阶段。2006年10月，国家林业局将保护区确定为全国51个具有典型性、代表性的示范自然保护区之一。保护区的建设发展对保护湿地资源和全球候鸟迁徙路线完整，对中国履行国际湿地公约，树立良好国际形象的重要意义和社会影响力日益显现。2010年8月，保护区被国家林业局湿地保护管理中心表彰为长江湿地保护与管理先进单位。同年编制的《上海市崇明东滩鸟类国家级自然保护区总体规划（2011—2020年）》为保护区未来10年的建设和发展描绘了美好的蓝图。